ggdh 发表于 2022-9-6 22:01 老师，可以跟您求教一下您编程的代码嘛 |
一条君 发表于 2022-9-1 20:43 目前已用mdanalysis编程实现了 主要的问题是 比较耗时，但是算法上应该有很大优化的空间 其次就是感觉样本量容易不够 进入特定区域的离子数量可能很少。 |
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| + 3 | 牛！ |
ggdh 发表于 2022-8-24 20:35 感觉很难做到统计意义，容易片面 如果没有编程，一个个选极费时间，可能就会选的有限；如果单选一个分子，整个轨迹时间也包含至少几百个10ps。 如果未来有好的方法，还请不吝指教，谢谢 |
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本帖最后由 ggdh 于 2022-8-24 20:48 编辑 我的思路是跟踪每一个分子 设定一个局部的范围，这里包括空间范围和时间范围 如果该分子在这个”局部”的范围内，比如在距离某个中心或者某个基团的5A范围内，呆了10ps，就把这段轨迹纳入统计 这样最后能得到每个分子在该“局部”的MSD和自扩散系数 最后对这些数据做平均就可以了 |
本帖最后由 一条君 于 2022-5-31 21:32 编辑 lyj714 发表于 2021-3-11 10:05 你好，看了文章，有很多公式，不知道他是怎么实现的，要自己编程还是？可以指导一下吗，谢谢 （感觉我的提问也能用这个解决http://bbs.keinsci.com/thread-30044-1-1.html） |
| 你好，请问一下，局部的扩散系数问题解决了吗 |
| 要看是平行xy面的还是垂直于xy面的。平行的按楼上的来挺好的，或者在z方向加个restraint再算xy面上的扩散也行，这些年也好多人在用的。垂直的你看这篇：https://pubs.rsc.org/en/content/ ... 01542b#!divAbstract |
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| + 2 | 十分感谢！ |
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本帖最后由 lyj714 于 2021-3-11 10:06 编辑 局部扩散或者叫位置依赖的扩散系数是有专门的一些方法解决的，楼上的那种只是一种近似，一般不会用这种。我推荐用MFPT的方法，相关文章有https://doi.org/10.1039/D0SM00541J |
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| + 2 | 好物！ |
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山下人来风 发表于 2021-3-11 09:39 自己写VMD tcl脚本相对来说是最容易实现的，VMD user guide里有简单的脚本编写例子 北京科音分子动力学与GROMACS培训班里深入系统详细讲VMD tcl分析脚本编写 |
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| + 3 | 感谢老师！ |
bobosiji 发表于 2021-3-11 09:40 文中用20ps作为每次统计的时间，也不至于20ps就能窜到老远以外的格子去，还是有一定意义、能反映一些“局部性”的 |
sobereva 发表于 2021-3-11 02:16 粒子在格子之间跑来跑去，每个格子逗留时间都很短的话，如之奈何？ |
sobereva 发表于 2021-3-11 02:16 谢谢老师！请问有相关的写程序的教程吗？或者我应该怎么去学写程序呀，希望老师能提点一下orz |
| 需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子，对每个格子里的粒子统计一定周期内的X，Y方向的扩散系数 |
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