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[GROMACS] 求助:利用MD计算局部扩散系数

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各位老师好,在文献里看到有关于计算局部扩散系数的,研究了它给出的公式之后觉得跟侧向扩散系数很像,但是公式里面并没有涉及z轴坐标(t应该是时间),想求教老师们具体应该怎么算?
谢谢各位!

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2019Multiscale Simulation of Diffusion in Porous Media From Interfacial.pdf

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发表于 Post on 2021-3-11 02:16:28 | 只看该作者 Only view this author
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子,对每个格子里的粒子统计一定周期内的X,Y方向的扩散系数
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-11 09:39:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-11 02:16
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子,对每个格子里的粒子统计一定周期内的X,Y方向的扩散系数

谢谢老师!请问有相关的写程序的教程吗?或者我应该怎么去学写程序呀,希望老师能提点一下orz

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发表于 Post on 2021-3-11 09:40:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-11 02:16
需要自己写程序。把Z方向分成一个个等间距的格子,对每个格子里的粒子统计一定周期内的X,Y方向的扩散系数

粒子在格子之间跑来跑去,每个格子逗留时间都很短的话,如之奈何?

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发表于 Post on 2021-3-11 09:59:28 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2021-3-11 09:40
粒子在格子之间跑来跑去,每个格子逗留时间都很短的话,如之奈何?

文中用20ps作为每次统计的时间,也不至于20ps就能窜到老远以外的格子去,还是有一定意义、能反映一些“局部性”的
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发表于 Post on 2021-3-11 10:01:31 | 只看该作者 Only view this author
山下人来风 发表于 2021-3-11 09:39
谢谢老师!请问有相关的写程序的教程吗?或者我应该怎么去学写程序呀,希望老师能提点一下orz

自己写VMD tcl脚本相对来说是最容易实现的,VMD user guide里有简单的脚本编写例子
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里深入系统详细讲VMD tcl分析脚本编写

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山下人来风 + 3 感谢老师!

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发表于 Post on 2021-3-11 10:05:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyj714 于 2021-3-11 10:06 编辑

局部扩散或者叫位置依赖的扩散系数是有专门的一些方法解决的,楼上的那种只是一种近似,一般不会用这种。我推荐用MFPT的方法,相关文章有https://doi.org/10.1039/D0SM00541J

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发表于 Post on 2021-3-11 12:16:16 | 只看该作者 Only view this author
要看是平行xy面的还是垂直于xy面的。平行的按楼上的来挺好的,或者在z方向加个restraint再算xy面上的扩散也行,这些年也好多人在用的。垂直的你看这篇:https://pubs.rsc.org/en/content/ ... 01542b#!divAbstract

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山下人来风 + 2 十分感谢!

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发表于 Post on 2022-4-28 23:45:01 | 只看该作者 Only view this author
你好,请问一下,局部的扩散系数问题解决了吗

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发表于 Post on 2022-5-31 15:53:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2022-5-31 21:32 编辑
lyj714 发表于 2021-3-11 10:05
局部扩散或者叫位置依赖的扩散系数是有专门的一些方法解决的,楼上的那种只是一种近似,一般不会用这种。我 ...

你好,看了文章,有很多公式,不知道他是怎么实现的,要自己编程还是?可以指导一下吗,谢谢
(感觉我的提问也能用这个解决http://bbs.keinsci.com/thread-30044-1-1.html
科音学员

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发表于 Post on 2022-8-24 20:35:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 ggdh 于 2022-8-24 20:48 编辑

我的思路是跟踪每一个分子
设定一个局部的范围,这里包括空间范围和时间范围
如果该分子在这个”局部”的范围内,比如在距离某个中心或者某个基团的5A范围内,呆了10ps,就把这段轨迹纳入统计
这样最后能得到每个分子在该“局部”的MSD和自扩散系数
最后对这些数据做平均就可以了

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发表于 Post on 2022-9-1 20:43:26 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-8-24 20:35
我的思路是跟踪每一个分子
设定一个局部的范围,这里包括空间范围和时间范围
如果该分子在这个”局部”的 ...

感觉很难做到统计意义,容易片面
如果没有编程,一个个选极费时间,可能就会选的有限;如果单选一个分子,整个轨迹时间也包含至少几百个10ps。
如果未来有好的方法,还请不吝指教,谢谢
科音学员

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发表于 Post on 2022-9-6 22:01:03 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2022-9-1 20:43
感觉很难做到统计意义,容易片面
如果没有编程,一个个选极费时间,可能就会选的有限;如果单选一个分子 ...

目前已用mdanalysis编程实现了
主要的问题是
比较耗时,但是算法上应该有很大优化的空间
其次就是感觉样本量容易不够
进入特定区域的离子数量可能很少。

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发表于 Post on 2024-7-13 14:40:35 | 只看该作者 Only view this author
ggdh 发表于 2022-9-6 22:01
目前已用mdanalysis编程实现了
主要的问题是
比较耗时,但是算法上应该有很大优化的空间

老师,可以跟您求教一下您编程的代码嘛

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