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有机分子结合Pb2+的配位水分子数目计算问题

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发布时间: 2022-6-23 12:13

正文摘要:

各位老师好, 最近在探究某个有机分子结合Pb2+时Pb2+配几个水的问题(结构如下图1),用到的理论是大学化学里学到的对这个方程 M(H2O)n-1  +  H2O  ——> M(H2O)n,结合自由能 del ...

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wudiazhu 发表于 Post on 2022-6-23 19:40:25
sobereva 发表于 2022-6-23 19:08
用Multiwfn画ELF、LOL等值面图
看Multiwfn手册4.5节绘制各种函数等值面图的例子

好的,感谢老师!
sobereva 发表于 Post on 2022-6-23 19:08:19
用Multiwfn画ELF、LOL等值面图
看Multiwfn手册4.5节绘制各种函数等值面图的例子

用Multiwfn做轨道定域化,看是否有对应孤对电子的定域化轨道也可以,参考
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html
wudiazhu 发表于 Post on 2022-6-23 17:51:12
wzkchem5 发表于 2022-6-23 16:58
按照https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ic501103c的方法,做NBO分析,然后画出Pb孤对电子的NBO轨道

感谢老师,我去瞅瞅
wzkchem5 发表于 Post on 2022-6-23 16:58:28
wudiazhu 发表于 2022-6-23 09:20
好的,感谢老师。另外,关于孤对电子的问题,不知道老师有没有啥高见

按照https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ic501103c的方法,做NBO分析,然后画出Pb孤对电子的NBO轨道
wudiazhu 发表于 Post on 2022-6-23 16:20:32
chands 发表于 2022-6-23 16:10
看这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-29899-1-1.html
两种方法都有提及。气相下计算照常算就行,不 ...

好的,感谢老师。另外,关于孤对电子的问题,不知道老师有没有啥高见
chands 发表于 Post on 2022-6-23 16:10:25
本帖最后由 chands 于 2022-6-23 16:14 编辑
wudiazhu 发表于 2022-6-23 15:40
感谢老师的回答,原来如此,抱歉抱歉我理论知识太差了。所以我应该在真空条件下优化所有结构,那请问计算 ...

看这个帖子http://bbs.keinsci.com/thread-29899-1-1.html
两种方法都有提及。气相下计算照常算就行,不用考虑55.6 mol/L。
wudiazhu 发表于 Post on 2022-6-23 15:40:59
chands 发表于 2022-6-23 13:43
不要在水溶剂模型中计算M(H2O)n-1 + H2O = M(H2O)n, 因为在水溶液中不论M(H2O)n-1还是M(H2O)n都是溶剂化的 ...

感谢老师的回答,原来如此,抱歉抱歉我理论知识太差了。所以我应该在真空条件下优化所有结构,那请问计算自由能也应该算的是气相下的自由能么,那这样的话H2O的浓度直接取1了,得到的结合常数K就直接是两个物质浓度的比。
chands 发表于 Post on 2022-6-23 13:43:49
本帖最后由 chands 于 2022-6-23 14:17 编辑

不要在水溶剂模型中计算M(H2O)n-1 + H2O = M(H2O)n, 因为在水溶液中不论M(H2O)n-1还是M(H2O)n都是溶剂化的(只不过不加水分子加溶剂模型是隐式溶剂模型,加了水分子再加溶剂模型是显式-隐式溶剂模型),这个反应从左到右啥也没发生,M(H2O)n-1(aq) + H2O(aq) = M(H2O)n(aq), delta G = 0。你或者在气相中算M(H2O)n-1 + H2O = M(H2O)n,或者跑MD看第一溶剂化壳层的H2O个数。你算出M(H2O)n-1(aq) + H2O(aq) = M(H2O)n(aq)的自由能变不为0,是各种误差,包括隐式溶剂模型的误差。

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