乐平 发表于 2022-9-24 15:19 嗯嗯 xtb半经验法果然快的飞起 谢谢 |
sobereva 发表于 2022-9-25 01:59 好的 谢谢老师 |
深爱小李 发表于 2022-9-24 18:00 将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析 http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html） 用Gaussian里的半经验方法也可以 |
乐平 发表于 2022-9-24 15:19 感谢，xTB是像Gaussian一样的量子力学软件吗，那我去看看 |
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这么大的体系，还好都是 C，H，O，N，S 这些元素。建议你先用 xTB 试试。 xTB 现在有 Windows 版了，解压就能用 http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html 用法见 xTB 手册 optimization 的内容 https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... ometry-optimization |
北大-陶豫 发表于 2022-9-23 16:49 嗯嗯 谢谢 是我写错了，抱歉 |
sobereva 发表于 2022-9-24 00:03 感谢老师的耐心解答，我刚开始接触分子模拟，很多都不懂，我好好看看你发的那些知识，发帖以后一定注意 |
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槽点太多，强烈建议你参加北京科音的初级量化班正经好好学学 谈谈学量子化学如何正确地入门 http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html） 否则纯粹是胡算瞎算，完完全全白浪费时间 基组不加极化根本没法用、没法发文章，这是最最基本的常识，好好看 谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html） 内存给区区100MB干嘛，好好看 Gaussian的安装方法及运行时的相关问题 http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html） 用M$创建结构毫无意义，gview的建模功能（晶体、聚合物等除外）明明远比M$强大得多。正经用Gaussian做计算的人几乎没有用M$创建结构的 没有叫Gaussian 09 5.0.9的东西，要么Gaussian 09，要么GaussView 5.0.9。你用的叫Gaussian 09 C.01 明明从G09 D.01开始就已经支持了DFT-D3，好好看 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210 当前体系如果用的方法是B3LYP这样无法描述色散作用的还不加色散校正，结果根本毫无意义，仔细看 谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？” http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html） 你就一个4核机子，还只给区区100MB内存，用当前级别想优化将近800个原子体系还做振动分析完全不可能，完全没有最基本计算常识。 是%mem不是%men 是gjf不是gif 分清楚Gaussian和GROMACS，1L的附件描述怎么写成了Gromacs输入文件 别打那么多错字，看着令人极其难受，要有点最基本的严谨态度 看清楚板块再发帖，避免扰乱论坛秩序。Gaussian的问题明显不应当发到“分子模拟”板块，这次给你改了，以后注意 |
Q-Chembio-llg 发表于 2022-9-23 15:02 opt freq阶段不建议用SMD，数值噪音容易出虚频和震荡，见 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html） |
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:47 看看清楚，6-31g(d,p)不是6-31g(b,p) 实在看不清可以写 6-31g** |
chands 发表于 2022-9-23 15:24 啊，感谢！我把%men提高到100MW，然后用6-31G（b，p），就算跑单独一个前药分子还是会出现一样的问题。 |
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:15 Initialization pass. Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd= 32152122 MxCore= 13107200) Use %mem=31MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step. Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Fri Sep 23 15:20:18 2022. %men太小了。 另外，分子好大，可以先试6-31G*基组。 |
chands 发表于 2022-9-23 15:13 你指的是.gif文件吗，我放上去了 |
深爱小李 发表于 2022-9-23 15:01 我忘了这事了，connecitivty缺失好像也行。基组加极化见http://sobereva.com/336 方便的话把文件贴出来看看 |
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