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发布时间: 2022-11-28 01:57
正文摘要:经常看到有些人在其它帖子后面跟帖提问和主贴无关的比较简单的量化问题，本论坛很不鼓励这样的做法，楼就歪了，会造成讨论秩序的严重混乱。但有些问题非常简单，单独发个帖子问也不值得（要不然论坛平均讨论质量会显 ... |
嘤嘤嘤 发表于 2026-4-24 10:35 没有任何问题 如果想弄清楚实际经过了多长时间，用输出文件里最终的时间减去最开始显示的时间 |
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Any fool can criticize, condemn, and complain -- and most do. -- Dale Carnegie Job cpu time: 102 days 18 hours 51 minutes 21.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 395827 Int= 0 D2E= 0 Chk= 25 Scr= 1 Normal termination of Gaussian 09 at Fri Apr 24 04:18:27 2026. 这是输出最后 这是#p aug-cc-pvqz CCSD(T)输入文件 |
nanokey 发表于 2026-4-23 23:31 是 |
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各位老师好，我计算镧系配合的自由能变化，参考使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元，配合物优化结构泛函用PBE0，配体基组用6-31G*，La元素用MWB46，计算单点能泛函用PBE0，配体基组用6-311G*，La元素用SDD。这种情况下，如果我想减去配体和水分子的能量，是否是接着使用PBE0优化配体和水分子的结构，并且使用PBE0计算单点能？ 谢谢各位老师！ |
329678001 发表于 2026-4-21 18:35 可以，虽然通常没显著意义并且超级昂贵 下文该说的都说了 详谈使用Gaussian做势能面扫描 http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html） 同时柔性扫描两个二面角的意义相对更大一点，北京科音中级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KBQC）讲势能面扫描的部分还专门给了例子 |
| 请教一下sob老师，做柔性扫描时候可以直接扫描多个键长吗？这个有没有博文和教程呀 |
LorneMeng 发表于 2026-4-10 09:25 没明显问题 |
sobereva 发表于 2026-4-10 06:05 感谢sob老师的解答，上次在ORCA6.1中进行NEB-TS计算后，为了快速验证计算思路，ORCA中NEB-TS计算级别与IRC和过渡态计算并不一致，使得计算结果异常。我更新了计算级别，计算完成后.final.interp文件信息显示在过渡态两侧能量单调变化。根据.final.interp文件内容，从而确定反应复合物距离过渡态(s=0)为3.186 Bohr，产物复合物距离过渡态(s=0)为3.402 Bohr 我想咨询下，sob老师，我这样写输入文件，以及处理思路是否合理 orca输入文件 ! M062X D3ZERO 6-311++g(d,p) NEB-TS TightSCF noautostart miniprint nopop %maxcore 2000 %pal nprocs 32 end %neb neb_end_xyzfile "ProCom.xyz" NImages 15 end *xyzfile 0 2 ReaCom.xyz .final.interp文件内容 Iteration: -1 Images: Distance (Bohr), Energy (Eh) 0.0000 0.00000000 0.00000000 0.0587 0.38657730 0.00002461 0.1375 0.90583615 0.00025783 0.2418 1.59288762 0.00099287 0.3177 2.09284943 0.00261966 0.3773 2.48553502 0.00494737 0.4185 2.75750497 0.00778956 0.4521 2.97834248 0.01134712 0.4836 3.18628638 0.01339817 0.5134 3.38275719 0.01012776 0.5369 3.53729566 0.00303164 0.5961 3.92703752 -0.01192154 0.7438 4.90056804 -0.02170310 0.8390 5.52774534 -0.02319339 0.9038 5.95438446 -0.02349828 0.9554 6.29448426 -0.02358712 1.0000 6.58838221 -0.02359610 |
LorneMeng 发表于 2026-4-9 21:06 能量不是先单调上升后单调下降，不完全正确 |
sobereva 发表于 2026-4-9 01:55 谢谢sob老师的解答，我尝试在ORCA6.1中进行NEB-TS计算，思路如下： 首先通过IRC计算，并对两端结构进行几何优化获得反应复合物和产物复合物结构信息；在ORCA进行NEB-TS计算，输入文件如下(目前在个人电脑上尝试，因而使用B3LYP/6-31G*)，计算完成后通过.final.interp文件信息，获得反应复合物和产物复合物相对过渡态位置。 老师，我这样写输入文件，以及这样处理是否合理。 ! B3LYP D3 6-31G* NEB-TS TightSCF noautostart miniprint nopop %maxcore 2000 %pal nprocs 20 end %neb neb_end_xyzfile "ProCom.xyz" NImages 15 end *xyzfile 0 2 ReaCom.xyz .final.interp文件内容 Iteration: -1 Images: Distance (Bohr), Energy (Eh) 0.0000 0.00000000 0.00000000 0.0541 0.34967968 -0.00105932 0.1173 0.75876072 -0.00098704 0.2125 1.37463705 -0.00040066 0.3099 2.00485470 0.00071167 0.3792 2.45306505 0.00240670 0.4250 2.74968353 0.00443544 0.4557 2.94791946 0.00642049 0.4893 3.16543194 0.00824847 0.5096 3.29650346 0.00698975 0.5359 3.46692619 0.00191014 0.6110 3.95283265 -0.00893399 0.7446 4.81709105 -0.01350540 0.8314 5.37823299 -0.01412350 0.8938 5.78178369 -0.01413301 0.9485 6.13567259 -0.01397512 1.0000 6.46909210 -0.01281765 |
sobereva 发表于 2026-4-9 01:53 谢谢sob老师 |
LorneMeng 发表于 2026-4-8 12:08 优化完的位置和IRC端点不完全相同，有时候可能差得不少，这么估计不合理，除非优化过程中结构确实变化甚微 如果非要精确的与过渡态的距离，可以跑CI-NEB，这样路径末端正好就在极小点，可以确切得到极小点与过渡态在路径上的距离（虽说这么得到的过渡态位置不如opt=TS那种精准） |
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各位老师好，本人采用polyrate计算速率常数过程中，尝试考虑反应复合物，因此需要确定反应复合物的几何结构和其在势能面的位置。反应复合物的几何结构是通过IRC计算，并单独几何优化得到。其距离过渡态位置(s=0)，通过IRC步长✖步数得到。 本人疑惑在于，这样定义反应复合物位置是否正确，还请各位老师指点 |
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