牧生 发表于 2024-3-29 18:56
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

非常感谢您的帮助，确实，能量极小化其实是成功的，只是因为分子模型在VMD中周期性显示的问题。
处理办法就是在gromac中将输出文件进一步处理就可以恢复。

非常感谢您的帮助，确实，能量极小化其实是成功的，只是因为分子模型在VMD中周期性显示的问题。
处理办法就是在gromac中将输出文件进一步处理就可以恢复。

凛爵 发表于 2024-3-29 16:56
老师您好，又来打扰您了，我直接使用了教程的例子按照其步骤一步步进行操作，但是进行能量极小化时仍然出 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

牧生 发表于 2024-3-29 10:33
个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后 ...

老师您好，又来打扰您了，我直接使用了教程的例子按照其步骤一步步进行操作，但是进行能量极小化时仍然出现了我提出的一些问题。包括分子链变长，跑到了四个角上去了，图片也已经上传到了上面的帖子里了

牧生 发表于 2024-3-29 10:33
个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后 ...

谢谢提供解决思路，我试试

个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后做这个片段的模拟。

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex6     按照这个例子进行操作，电荷用MMFF94就行了。