求助：进行简单聚合物聚丙烯酰胺的能量极小化时分子跑散，键长很长

凛爵

打扰各位前辈了，我是刚开始接触Gromacs，在进行能量极小化后成功了，但是用VMD打开却是分子与分子之间是断键散开的。
我的整个做法是1.先建立模型，然后进行初步的结构优化后生成pdb文件。
                      2.将pdb文件丢到Tppmktop中生成全原子力场的rtp文件。
                      3.在Gromacs中oplsaa.ff文件夹里添加了残基文件，也添加添加了相应的残基名。
                      4.将pdb文件丢到Gromacs程序中，用如下指令gmx pdb2gmx -f  .pdb -o  .gro -p  .top生成了gro和top并对gro中的盒子大小进行了修改
                        5.生成.tpr文件进行能量极小化的运行。
                        最后用VMD打开结果文件发现问题，之后再用初始PAM.gro文件载入轨迹文件查看分子链一下子拉长跑的到处都是。
                         怀疑是拓补文件的问题，但是不知道该如何去修改拓补。

牧生

个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后做这个片段的模拟。

http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex6     按照这个例子进行操作，电荷用MMFF94就行了。

凛爵

牧生 发表于 2024-3-29 10:33
个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后 ...

谢谢提供解决思路，我试试

凛爵

牧生 发表于 2024-3-29 10:33
个人建议，建立一个稍长一点的PAM，比如重复单元20或者50，并在gv里面进行首尾相连，表示其无限延展，然后 ...

老师您好，又来打扰您了，我直接使用了教程的例子按照其步骤一步步进行操作，但是进行能量极小化时仍然出现了我提出的一些问题。包括分子链变长，跑到了四个角上去了，图片也已经上传到了上面的帖子里了

牧生

凛爵 发表于 2024-3-29 16:56
老师您好，又来打扰您了，我直接使用了教程的例子按照其步骤一步步进行操作，但是进行能量极小化时仍然出 ...

http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

凛爵

非常感谢您的帮助，确实，能量极小化其实是成功的，只是因为分子模型在VMD中周期性显示的问题。
处理办法就是在gromac中将输出文件进一步处理就可以恢复。

凛爵

牧生 发表于 2024-3-29 18:56
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

非常感谢您的帮助，确实，能量极小化其实是成功的，只是因为分子模型在VMD中周期性显示的问题。
处理办法就是在gromac中将输出文件进一步处理就可以恢复。