牧生 发表于 2024-6-9 21:49
尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
...

我解决了atomtypes的问题,然后又提示这个
Fatal error:
Syntax error - File ABC.itp, line 8
Last line read:
'[ bonds ]'
Invalid order for directive bonds


崩溃了,

尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ fudgeQQ
1               3               yes             0.5     0.5


再者，不建议新手用opls。我知道你把ABC和DEF中的原子类型剪切到了 ffnonbonded.itp ，但因为网页返回来的原子的命名有可能改变，或者重复，需要自己重新去编号。
比如你看opls_802，或者opls_803等等，就出现了两次，但对应的是不同的原子。
opls_802   N802      14.0070      0.000       A    3.25000E-01  7.11280E-01
opls_809   H809       1.0080      0.000       A    2.50000E-01  1.25520E-01
opls_808   H808       1.0080      0.000       A    2.42000E-01  1.25520E-01
opls_807   O807      15.9990      0.000       A    2.96000E-01  8.78640E-01
opls_802   C802      12.0110      0.000       A    3.50000E-01  2.76144E-01


用sobtop更好更便捷更傻瓜化。

sobereva 发表于 2024-6-9 21:26
老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-457 ...

我知道,可我已经按照这个帖子的要求去改了
还有哪里会导致[atomtypes]没有出现在所有[moleculetype]之前?
我哪步是错的?都是照着两个帖子改的

老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html
该说的都说了，没有可补充的