Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-6-9 21:21:20

根据这两个帖子求教，Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)和求助如何将两种小分子的itp文件include 到一个top文件里面，并进行能量最小化 - 分子模拟（Molecular Modeling） - 计算化学公社 (keinsci.com)
我也把两个itp文件中的[ atomtypes ]剪切到了oplsaa.ff/ffnonbonded.itp中[atomtypes]中,并
保证了开头的[ atomtypes ]部分必须挪到引入forcefield.itp之后,
以及[atomtypes]必须出现在所有[moleculetype]之前
[下图标蓝部分为剪切部分]

可是依旧提示:

我实在是搞不清楚还有哪里会导致[atomtypes]没有出现在所有[moleculetype]之前
附加如下:

ABC.itp (12.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

DEF.itp (3.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

ABCDEF.top (412 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

ffnonbonded.itp (64.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-9 21:26:43

老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html
该说的都说了，没有可补充的

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-6-9 21:38:56

sobereva 发表于 2024-6-9 21:26
老生常谈的grompp提示Invalid order for directive atomtypes报错专帖
http://bbs.keinsci.com/thread-457 ...

我知道,可我已经按照这个帖子的要求去改了
还有哪里会导致[atomtypes]没有出现在所有[moleculetype]之前?
我哪步是错的?都是照着两个帖子改的

牧生 · 发表于 Post on 2024-6-9 21:49:34

本帖最后由牧生于 2024-6-9 21:51 编辑

尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc       comb-rule    gen-pairs    fudgeLJ fudgeQQ
1             3             yes          0.5    0.5

再者，不建议新手用opls。我知道你把ABC和DEF中的原子类型剪切到了 ffnonbonded.itp ，但因为网页返回来的原子的命名有可能改变，或者重复，需要自己重新去编号。
比如你看opls_802，或者opls_803等等，就出现了两次，但对应的是不同的原子。
opls_802   N802    14.0070    0.000    A 3.25000E-01  7.11280E-01
opls_809 H809    1.0080    0.000    A 2.50000E-01  1.25520E-01
opls_808 H808    1.0080    0.000    A 2.42000E-01  1.25520E-01
opls_807 O807    15.9990    0.000    A 2.96000E-01  8.78640E-01
opls_802 C802    12.0110    0.000    A 3.50000E-01  2.76144E-01

用sobtop更好更便捷更傻瓜化。

艾尔斯灿 · 发表于 Post on 2024-6-9 22:28:18

牧生发表于 2024-6-9 21:49
尝试删除这一些内容。
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
...

我解决了atomtypes的问题,然后又提示这个
Fatal error:
Syntax error - File ABC.itp, line 8
Last line read:
'[ bonds ]'
Invalid order for directive bonds

崩溃了,

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[GROMACS] Invalid order for directive atomtypes错误，根据其他帖子修改后还是错误

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