用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场

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发布时间: 2024-7-12 11:30

我是用gromacs模拟多糖水溶液，用的Glycam06力场，Glycam06力场没有gromacs格式的力场文件，所以我用ambertools生成坐标和拓扑文件后再转换为gromacs的gro和top文件，然后gmx ...

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Seyilaxa 发表于 Post on 2024-7-15 14:27:11

Sunca 发表于 2024-7-12 15:18
1. ffnonbonded.itp里面有好几种水的原子类型，没有tip3p的，我应该用哪一种
2.复制到我的top文件里面后 ...

1. tip3p需要什么原子就补上什么，比如这里就是HW和OW
2. 检查具体是什么参数不全，需要什么就补什么。bondtypes可以到力场文件夹的ffbonded.itp里面找，有的话就复制过来补上，没有就自己补参数

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-7-12 11:47:54

去ffnonbonded.itp 把水模型需要的的atomtypes补到.top文件里
然后按照这个帖子检查.top文件各个字段http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

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