用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场

Sunca · 发表于 Post on 2024-7-12 11:30:19

我是用gromacs模拟多糖水溶液，用的Glycam06力场，Glycam06力场没有gromacs格式的力场文件，所以我用ambertools生成坐标和拓扑文件后再转换为gromacs的gro和top文件，然后gmx editconf建盒子、gmx solvate -cs spc216.gro溶剂化，我想用tip3p水，一开始我没有赋予水分子力场提示我no such moleculetype SOL，如果直接在top文件里面直接#include某个gromacs自带的力场文件里面的tip3p.itp的话会显示no such atomtype HW(具体记不清了，大致这个意思)。
这种情况应该怎么办呢？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-12 11:47:54

去ffnonbonded.itp 把水模型需要的的atomtypes补到.top文件里
然后按照这个帖子检查.top文件各个字段http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html

Sunca · 发表于 Post on 2024-7-12 15:18:27

本帖最后由 Sunca 于 2024-7-13 11:09 编辑

Seyilaxa 发表于 2024-7-12 11:47
去ffnonbonded.itp 把水模型需要的的atomtypes补到.top文件里
然后按照这个帖子检查.top文件各个字段http: ...

1. ffnonbonded.itp里面有好几种水的原子类型，没有tip3p的，我应该用哪一种
2.复制到我的top文件里面后有的参数不全怎么办

1.打开一个tip3p.itp文件就能发现，tip3p应该用上面的普通的HW和OW
2.缺少的bond_type我直接参照上面的原子复制name项就行了，我不确定对不对

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-7-15 14:27:11

Sunca 发表于 2024-7-12 15:18
1. ffnonbonded.itp里面有好几种水的原子类型，没有tip3p的，我应该用哪一种
2.复制到我的top文件里面后 ...

1. tip3p需要什么原子就补上什么，比如这里就是HW和OW
2. 检查具体是什么参数不全，需要什么就补什么。bondtypes可以到力场文件夹的ffbonded.itp里面找，有的话就复制过来补上，没有就自己补参数

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[GROMACS] 用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场

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