pal 发表于 2025-7-11 19:47
http://bbs.keinsci.com/thread-33092-1-1.html按照这个试试

谢谢您指导

sobereva 发表于 2025-7-12 00:58
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这 ...

好的sob老师，我下次注意，谢谢您

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

yzl2008ll 发表于 2025-7-11 15:08
不好意思，我是设置错了

http://bbs.keinsci.com/thread-33092-1-1.html按照这个试试

pal 发表于 2025-7-11 14:53
阅读权限真高

不好意思，我是设置错了

阅读权限真高

yzl2008ll 发表于 2025-7-11 14:03
第五步：整理该DNA分子的完整PDB文件，我这里的思路是先用Ambertools生成只含有标准残基的该DNA序列部分， ...

这是我整理的相关文件

第五步：整理该DNA分子的完整PDB文件，我这里的思路是先用Ambertools生成只含有标准残基的该DNA序列部分，然后将一开始用于sobtop输入文件的mol2文件用GaussView另存为PDB文件，将多余原子删掉后形成只有残基的PDB文件，将原子类型改为Sobtop生成的.rtp文件里的原子类型，最后将残基的PDB信息按照序列顺序插入到上面使用ambertools生成的含有标准残基的DNA序列PDB文件中，形成完整的该DNA分子PDB文件。（这里会存在严重的问题，由于非标准残基多次出现在该序列里，所以重复使用了非标准残基.pdb文件里的原子坐标，）所以这样形成的PDB文件可能是用不了的（但是这一步我已经进行了部分修改形成了T4BT11T14.pdb的测试序列，目的是想尝试运行pdb2gmx，验证下能否正常调取我新建的非标准残基力场参数，但是出现如下报错内容，我检查了PDB文件里的原子类型和.rtp文件里都没问题，现在也不清楚该怎么办）。

第五步（改进版）：我想使用chemdraw画出完整的DNA序列，然后用Chem3D打开并进行能量最小化保存为PDB文件，然后在此框架下进行PDB文件的整理，形成最终版的PDB文件（这里主要是想用Chem3D现成的原子坐标，把原子类型改为标准残基和非标准残基的原子类型），不知道是否可行（待尝试，也想请问老师们有没有更好的方法）。
我整理的相关文件也一并上传了，还请老师们给与指导，谢谢