本帖最后由 yzl2008ll 于 2025-7-11 15:08 编辑
各位热心的老师们好，我是一个gromacs初学者，刚接触两个月左右，基础比较差，如果接下来的操作有比较脑残的地方还请老师们理解。近期在尝试处理一个含有80个碱基的单链DNA分子动力学模拟，该DNA序列是由50个标准残基和2种（一种是中间残基命名为BEN，另一种是3’残基，命名为TPC3）共计30个非标准残基构成，因此我是参照网上各位热心老师发的关于模拟含有非标准残基蛋白配体模拟的思路进行处理，先使用建模软件（chemdraw和Chem3D）得到这两种非标准残基的mol文件，使用gaussView打开并保存成gaussian的输入文件，然后进行几何优化和振动分析（opt b3lyp/6-31+g(d')进行计算，将得到的.output文件保存成.mol2文件，将.Check转化成FormChk文件，然后进行以下操作（这里以残基BEN为例）： 第一步：将生成的BEN.fch文件导入Multiwfn，然后进入Multiwfn主功能7的子功能18 ，再用选项1 计算标准RESP电荷，导出chg文件后，最后1列就是RESP电荷。 第二步：根据sobtop的FAQ5 ，rtp文件生成方法为：然后在Sobtop里载入模型分子的BEN.mol2文件，从BEN.chg文件里载入原子电荷，然后选产生BEN.rtp文件，其间让Sobtop自动指认AMBER原子类型，并要求从预置力场库文件里取合适的参数，缺的让Sobtop基于Hessian算出来。 第三步：.rtp文件生成后，我需要将其处理成残基形态，因此我需要将rtp文件中涉及5’端和3’端多余的结构统统删掉（对照gaussView），原子编号是重新生成的。 第四步：我这里用的是amber14sb_parmbsc1.ff力场，按照sobtop提示将处理好的.rtp文件中[atomtypes ]字段拷贝到该力场ffnonbonded中，并整理好格式，将原子类型信息挪到atomtypes.atp文件夹中；将通用残基名[MOL]改为我定义的残基名[BEN]，删除.rtp文件中开头的两节信息：atomtypes和原子类型，保存后放入amber14sb_parmbsc1.ff力场文件中，最后在../top文件夹中的residuetypes文件中，加入[BEN],定义为DNA。
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发表于 Post on 2025-7-11 14:02:34
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发表于 Post on 2025-7-12 00:58:43