在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构

granvia · 发表于 Post on 2023-10-4 12:22:47

sobereva 发表于 2023-10-3 14:12
可以通过距离矩阵对比差异
molclus的isostat比较结构差异的时候就是基于距离矩阵对比的

是不是比较距离矩阵的特征值就够了？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-4 14:31:34

granvia 发表于 2023-10-4 12:22
是不是比较距离矩阵的特征值就够了？

这是一个办法，也可以把距离值按从大到小排序成为矢量，比较两个矢量的差异，molclus的isostat比较结构相似性的时候就是这么做的

granvia · 发表于 Post on 2023-10-4 16:54:33

sobereva 发表于 2023-10-4 14:31
这是一个办法，也可以把距离值按从大到小排序成为矢量，比较两个矢量的差异，molclus的isostat比较结构相 ...

明白啦，谢谢！

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-8 08:14:22

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2025-4-8 08:23 编辑

昨天我发的这帖就用此文的方法，简单展示了某个质子转移反应的反应物、过渡态、产物的叠合情况。

做些笔记：在VMD中启用File - Log Tcl Commands to Console后，可见从Extensions - Analysis打开RMSD Calculator窗口对应于命令行menu rmsd on指令，打开RMSD Trajectory Tool窗口对应于命令行menu rmsdtt on指令，打开RMSD Visualizer Tool窗口对应于命令行menu rmsdvt on指令。在窗口内操作时并不会在命令行显示对应指令，不过定义几个工具的原始tcl脚本可以在VMD目录下plugins/noarch/tcl/rmsd1.0或rmsdtt3.0或rmsdvt1.0文件夹内找到。实际上VMD自带的doc/ug.pdf用户指南的12.4节专门介绍了RMSD相关的tcl脚本编写技巧，核心指令就是measure fit $sel1 $sel2返回4x4矩阵，使得选区$sel1的原子改变坐标后与$sel2间的RMSD最小，以及measure rmsd $sel1 $sel2计算RMSD本身。measure fit有一个选项order可以指定作为参比的$sel2里的原子index列表。VMD的RMSD算法来自Kabsch (Acta Cryst. (1978) A34, 827-828)。

有一点不足之处是，这个方法得到的是视角（具体说就是http://bbs.keinsci.com/thread-17814-1-1.html涉及的若干矩阵）不变的前提下原子坐标的变换矩阵，但实际上有时可能需要的是体系的视角变换矩阵。比如对两个结构相似但朝向不同的分子用波函数信息计算实空间函数后将cube文件载入VMD，希望将原子位置和等值面同时在视觉上叠合，这就不能只做原子坐标的矩阵变换而不管格点数据了。不知道除了在产生波函数信息前就把分子对齐以外，有没有后处理上的解决方法。

zhouyulin · 发表于 Post on 2025-5-2 23:50:05

老师，我想问一下优化结构对比结果后的RMSD怎么保存下来

sobereva · 发表于 Post on 2025-5-3 00:01:31

zhouyulin 发表于 2025-5-2 23:50
老师，我想问一下优化结构对比结果后的RMSD怎么保存下来

如果你是指保存RMSD数值，复制粘贴就完了
如果你是指保存align后的结构，file - save coordinate

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