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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn资源与经验] 巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-6 00:58:51 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-5 19:22
我按老师说的用orca6.0和multiwfn的两个软件的最新版已经成功将静电势计算的问题解决了,谢谢老师的指点 ...

自己根据计算流程搞清楚xyz坐标为什么不同,没细节别人没法判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-6-6 10:53:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xu123123 于 2025-6-6 10:55 编辑

这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告”当您忘记将.molden文件[atoms]字段中的原子指数修改为实际核电荷时,可能会使用ECP”,并且测试发现旧版本无法正确计算静电势的值,只有ORCA6.0新版本能正确计算。

然后我打开了新旧版本生成的molden文件,发现旧版本和新版本的OCRA的原子指数是一样的,也就是核电荷数是一样的,

我看了老师的另一个帖子,是在旧版本生成的molden文件的做些修改即可(即更改原子指数)也能正常放入multiwfn里正常计算静电势值,但是两个版本OCRA生成的molden文件里面Au C H原子的原子指数都是一样的,一个新版本生成的molden能正常计算静电势,另一个旧版本不能正常计算静电势,二者只有xyz坐标不一样,为什么旧版本OCRA5.0不能正常计算,而新版本OCRA6.0能计算静电势,二者仅仅是坐标不一样吗?

ppp.png (152.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 116)

ppp.png

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发表于 Post on 2025-6-6 11:13:48 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-6 10:53
这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告 ...

ORCA 6.0与5.0在输出的molden文件上有个[Pseudo]字段的重要区别,看http://bbs.keinsci.com/thread-48197-1-1.html这帖。可能这个字段在molden文件末尾,所以只看开头就会错过之。
至于坐标的差异,如果确信输入文件的结构与关键词均完全一致,可以把关键词贴出来看看有没有哪个会涉及坐标变换。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-6-6 11:47:16 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-6-6 11:13
ORCA 6.0与5.0在输出的molden文件上有个字段的重要区别,看http://bbs.keinsci.com/thread-48197-1-1.htm ...

谢谢老师解答,我再看看帖子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-7 01:31:10 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-6 10:53
这个图是新旧OCRA两个版本分别生成的同一结构的molden文件。

旧版本的molden导入multiwfn会提醒一个警告 ...

别乱拼ORCA

不同大版本默认设置不同,导致同一个输入文件计算结果有差异非常正常,下文也说了,你不给具体输入文件没法判断
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html

如今没有任何理由还用ORCA 5

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发表于 Post on 2025-6-18 14:54:17 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请问这个静电势柱状图中的纵轴 area 的意思是,area 的值越大,这一点所占表面积就越大吗?

这个图是不考虑这个点的值是正值还是负值,只考虑这点的表面积的大小吗?

1.png (37.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 119)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 05:54:49 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-18 14:54
老师好,我想请问这个静电势柱状图中的纵轴 area 的意思是,area 的值越大,这一点所占表面积就越大吗?

...

体现的是不同静电势范围对应的分子表面上的面积
你说的“点”意义不明
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发表于 Post on 2025-6-19 15:05:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 05:54
体现的是不同静电势范围对应的分子表面上的面积
你说的“点”意义不明

就是一个静电势的极值点,

这个图画的是所有的静电势的点,还是所有的静电势极值点呢?

然后就是面积越大,说明这个对应静电势能量的极值点的数量就越多是吗?不知道我理解的对不对 老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 17:22:38 | 只看该作者 Only view this author
xu123123 发表于 2025-6-19 15:05
就是一个静电势的极值点,

这个图画的是所有的静电势的点,还是所有的静电势极值点呢?

这图跟极值点毫无关系
极值点是表面上一个具体的点,而当前的图统计的是范德华表面上不同静电势数值范围包含的面积
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发表于 Post on 2025-6-19 19:30:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 17:22
这图跟极值点毫无关系
极值点是表面上一个具体的点,而当前的图统计的是范德华表面上不同静电势数值范围 ...

谢谢老师的解答。

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