GROMACS 2020预览版出了

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-26 11:30:45

官方宣称的主要改进，我觉得意义都不太大，比较失望

Density-guided simulations allow “fitting” atoms into three-dimensionaldensity maps.
Inclusion of gmxapi 0.1, an API and user interface for managingcomplex simulations, data flow, and pluggable molecular dynamics extension code.
New modular simulator that can be built from individual objects describing differentcalculations happening at each simulation step.
Parrinello-Rahman pressure coupling is now also available for the md-vv integrator.

具体说明见http://manual.gromacs.org/documentation/2020-beta1/release-notes/2020/major/features.html

第一条就是在计算时给粒子施加力，使得最终的粒子分布和事先提供的密度分布有相似性。实际意义有限
gmxapi那个就是增加模拟流程和数据的可控性，对于大部分用户也没太大意义

加入了两个新工具convert-trj和extract-cluster，也没太大重要性 http://manual.gromacs.org/documentation/2020-beta1/release-notes/2020/major/tools.html

2020巨坑的是居然把group cut-off给砍了，导致好多功能用不了了
The group cut-off scheme has been removed. Several kinds of simulationthat depend on it no longer work.

Simulations under vacuum conditions are not supported.
User supplied tables for short-range nonbonded interactions are not supported.
Switched short-range nonbonded interactions with PME are not supported.
Membrane embedding is deactivated.
QMMM is not supported.

不仅没加入有用的功能，倒把原先重要、很多人需要的地方割了，不知什么心态。之前2019把溶剂模型给砍了就很无语，这回又变本加厉。

另外还砍了几个没人用的小工具anadock、dyndom、morph。

ezez · 发表于 Post on 2019-9-26 11:34:17

还是跟着社长大大学习靠谱，看东西一针见血～

zycz138 · 发表于 Post on 2019-9-26 13:14:35

这一点还真不如amber

liuyuje714 · 发表于 Post on 2019-9-26 14:06:21

不是砍不砍的问题，没人维护的工具放上去没多大意义。

k64_cc · 发表于 Post on 2019-9-26 14:17:24

去年冬天一个会上，我们问了他们的开发者，他们说要把Group逐步干掉，全都迁移到Verlet上去。现在这个目标大概算是完成了一半？

wuzhiyi · 发表于 Post on 2019-9-26 16:16:34

要把Group逐步干掉，全都迁移到Verlet上去。
但迁移到Verlet上去進展緩慢怎麼辦？
那就把group砍掉吧這樣我們就有重大進展了

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-9-26 21:10:23

sob可以考虑用NAMD啊

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-27 03:00:09

fhh2626 发表于 2019-9-26 21:10
sob可以考虑用NAMD啊

对我来说替换成本高，而且目前没有刚性需求

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2019-9-27 04:02:11

fhh2626 发表于 2019-9-26 21:10
sob可以考虑用NAMD啊

namd是不是干脆还没有verlet？

k64_cc · 发表于 Post on 2019-9-27 10:11:54

KiritsuguPapa 发表于 2019-9-27 04:02
namd是不是干脆还没有verlet？

Langevin挺好的，真的

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2019-9-28 23:14:04

k64_cc 发表于 2019-9-27 10:11
Langevin挺好的，真的

你是指Langevin dynamics？(gromacs的sd？）我是问namd是不是没有verlet的neighberlist cut-off？前两天想对应一下namd和gromacs的输入文件不过没看到namd的cutoff有什么可选的scheme 我猜namd是用的group？

weng · 发表于 Post on 2019-10-13 16:08:06

1.fitting atoms into density map可能会对做自组装的人有用。
2.新加入的两个命令就是为了替代gmx trjconv吗？感觉意义不大啊。
3.“Simulations under vacuum conditions are not supported.”
真这样的话构建体系会超级不便啊。

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