GFN-FF力场文章出来了

nemolee · 发表于 Post on 2021-5-9 14:30:52

要是能在lammps里用就好了。。。或者xtb周期性支持的好一点就好了。。。

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-10 23:19:11

还是不知道XTB是怎么弄，求解答。

，在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-11 05:38:12

sun666 发表于 2021-5-10 23:19
还是不知道XTB是怎么弄，求解答。，在自动生成拓扑文件的帖子中没有看到xtb

本来下文就跟xtb完全扯不上联系，下文说的只是gromacs，gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

更何况xtb计算根本用不着拓扑文件

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-11 09:15:02

sobereva 发表于 2021-5-11 05:38
本来下文就跟xtb完全扯不上联系，下文说的只是gromacs，gromacs又不支持GFN-FF
几种生成有机分子GROMACS ...

谢谢社长，GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件，用作跑动力学吗

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-5-11 09:32:08

sun666 发表于 2021-5-11 09:15
谢谢社长，GEN-FF力场不能跟UFF一样可以做itp文件，用作跑动力学吗

首先，gfn-ff可以跑动力学，其次，gfn-ff不用拓扑文件，最后，xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... .html#how-to-use-it，以及gfn-ff的原文

sun666 · 发表于 Post on 2021-5-11 11:27:23

hdhxx123 发表于 2021-5-11 09:32
首先，gfn-ff可以跑动力学，其次，gfn-ff不用拓扑文件，最后，xtb用法可以去看xtb手册https://xtb-docs.r ...

谢谢大佬，那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-7-26 14:16:53

sun666 发表于 2021-5-11 11:27
谢谢大佬，那这个力场是可以用在gmx跑动力学是不。

明显是不能再GMX里面跑。函数形式和一般的力场区别还是很大的，成键的三体项和计算静电用的EEQ电荷也是GMX不支持的，原理上塞进lammps倒是好像可以，但有xTB程序了就没啥必要了。

这个力场还有个主流力场里基本没了的氢键校正项也是挺奇怪的，而且虽说是非反应力场但是可以正确描述解离行为

一条君 · 发表于 Post on 2021-8-27 12:43:07

bobosiji 发表于 2020-5-6 11:25
**** 本内容被作者隐藏 ****

请问amoeba支持哪些元素呢，不知道哪篇文献是官方版，还没找到支持元素信息，233，谢谢

k64_cc · 发表于 Post on 2021-8-27 17:03:20

一条君发表于 2021-8-27 12:43
请问amoeba支持哪些元素呢，不知道哪篇文献是官方版，还没找到支持元素信息，233，谢谢

https://github.com/TinkerTools/poltype2

用这玩意。他能做的就支持，不能做的就不支持。

一条君 · 发表于 Post on 2023-9-12 23:17:50

本帖最后由一条君于 2023-9-12 23:33 编辑

帮我这样的初学者补充一下老师另两个帖子的内容
【在2021年JCTC DOI:10.1021/acs.jctc.1c00832上将此力场推广到了周期性体系后叫做pGFN-FF】
【GFN2-xTB物理上最严格，多数情况精度最佳，但有时候SCF收敛困难；GFN1-xTB不如GFN2-xTB严格，平均精度稍逊一点，但SCF收敛容易（因此明显更适合SCF难收敛的金属团簇等情况），耗时也比GFN2-xTB低一些。GFN0-xTB精度最烂但速度也最快】

aaq2800 · 发表于 Post on 2023-9-13 08:41:17

xtb真香

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-9 20:30:04

sobereva 发表于 2020-8-26 12:34
直接用xtb程序

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-10 07:05:54

七尺贱发表于 2023-11-9 20:30
**** 本内容被作者隐藏 ****

毫无可比性
GFN-FF的复杂度注定它的速度连gromacs跑主流力场速度的零头都达不到，更何况xtb根本就不是专门跑经典力场的动力学程序，GPU加速也没有
而且生物分子体系、凝聚相体系等也根本不是GFN-FF的模拟初衷和擅长的
xtb和gromacs的应用范畴没多少交集

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[综合交流] GFN-FF力场文章出来了

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