gromacs的续跑问题如何实现？

rdcfm1223

sobereva 发表于 2023-12-30 05:33
分清楚内存和硬盘
轨迹又不占内存

老师你好，感谢您的回复。没有搞错内存和硬盘。在gmx完成grompp之后，会显示一段英文说明本次运行大约会占据多少的内存，大概是如下：WARNING: This run will generate roughly 40175 Mb of data。
个人感觉是gromacs在运算过程中产生的一系列数据是先写在内存里，在最后才会写到对应的trr、xtc文件中去。因为体系塞了很多水分子，所以相关的内存占用会很大。
另外，就我之前提出的问题，直接在原文件后面增补的续跑方法确实内存占用会比另起文件续跑内存占用大。因为初次运算内存就用的比较极限了，所以当时处于保险起见，没有直接按照初始的总时长进行第二次源文件续写的等时长续跑。第一次运算大约1.5ns，第二次续算1ns。第二次实际测试内存耗用大约50+。之后再续跑的时候使用了不续写的命令，内存耗用大约30+。以上。

sobereva

rdcfm1223 发表于 2024-1-3 10:53
老师你好，感谢您的回复。没有搞错内存和硬盘。在gmx完成grompp之后，会显示一段英文说明本次运行大约会 ...

坐标数据显然是先存在内存里，等往轨迹文件里写完了，同样的内存空间会被之后的坐标数据覆盖

40175 Mb of data指的是轨迹文件最终占硬盘的大小，而非内存

说数值的时候写清楚单位

除非体系大得离谱或者设置存在严重硬伤，否则对于当下普通计算机，根本不可能爆内存。常规的经典力场的动力学根本占不了多少内存

rdcfm1223

sobereva 发表于 2024-1-4 10:45
坐标数据显然是先存在内存里，等往轨迹文件里写完了，同样的内存空间会被之后的坐标数据覆盖

40175 Mb ...

好的，谢谢sob老师

Coco至上

那请问我原来的设置的是跑200ns，但是我想改成100ns该输入什么代码

neocc

请问续算如何显示实时步数，或者只能从log文件里面观看吗

yuanen

请问，副本交换动力学意外中断续跑有意义吗？

dodobird1

sobereva 发表于 2020-6-18 11:58
续跑意外断掉的做法就是楼上说的，延长模拟看：

弱弱的提一句，不知道sob老师认不认可
前两天小白本地弄了个20ns的模拟，发到服务器上去延长到100ns。这个服务器就是ssh每天会定时早上5点断开（不知为何），当时还不知道这个事情，没搭tmux之类的，然后就需要手动续算
回来去bash同一个代码文件（和sob老师ppt里的指令是一个意思，有个-extend 80ns的时长），结果模拟时长就变成了180ns,当时没注意，还为了调bash的一个小错没算多久就结束了任务重新运行，结果模拟时长就变成了260ns……
虽然这个属于是小白个人的失误，但是还是感觉对于covert-tpr,用[-until 目标总时长]比用-extend更准确，也在任务突然中断或者需要修改的情况下可以继续用同一个代码，不修改直接运行，方便一点。
不知我的看法是否有所疏漏？

dodobird1

neocc 发表于 2024-7-17 23:49
请问续算如何显示实时步数，或者只能从log文件里面观看吗

加一个-v

dodobird1

yuanen 发表于 2025-8-5 16:21
请问，副本交换动力学意外中断续跑有意义吗？

有存.cpt吗