计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 17283|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[xtb] 如何评价xtb的GFN0-xTB、GFN1-xTB、GFN2-xTB计算结构和能量的精度?

[复制链接 Copy URL]

235

帖子

1

威望

1176

eV
积分
1431

Level 4 (黑子)

我把一个b3lyp/6-31g(d)优化好了镍络合物,用GFN0-xTB、GFN1-xTB、GFN2-xTB重新优化,结果发现GFN0-xTB和GFN1-xTB结构更接近,而GFN2-xTB差别更大一些?PS:今天不知道为什么无法上传附件

444

帖子

0

威望

2580

eV
积分
3024

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

2#
发表于 Post on 2021-5-5 11:00:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-5 11:05 编辑

说到差别,那就要发问:
参考的级别足够吗?是否有可能参考级别没有pbe0/defTZVP或def2svp优化更合适?
其次,gfn2xtb在优化的级别上,我个人认为不太能接受,因为hessian的质量相对DFT一定是不足的,如果靠gfn2xtb想得到一个自己认为很可信的结论,在复杂体系,特别是过渡金属体系下,级别不够。如果个别体系gfn1/0xtb效果确实明显优于gfn2xtb,并且还是过渡金属,那么很可能是HF算RESP的类似情况,不准+不准在极稀有的情况下瞎猫碰上死耗子,毕竟概率嘛
真·探

235

帖子

1

威望

1176

eV
积分
1431

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-5 11:05:24 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-5-5 11:00
说到差别,那就要发问:
参考的级别足够吗?是否有可能参考级别没有pbe0/defTZVP或def2svp优化更合适?
...


这个自然是,不过我使用xtb主要是为了给DFT计算做粗优化,所以希望得到和b3lyp/6-31g(d)接近的结果

444

帖子

0

威望

2580

eV
积分
3024

Level 5 (御坂)

娃娃儿鱼

4#
发表于 Post on 2021-5-5 11:10:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-5-5 11:11 编辑
星斗如盘 发表于 2021-5-5 11:05
这个自然是,不过我使用xtb主要是为了给DFT计算做粗优化,所以希望得到和b3lyp/6-31g(d)接近的结果

xtb粗优化的目的往往是促进收敛,向这个级别接近可能不是很有意义,就像我上面说的,级别可能不够,不一定会有更优的效果。在这种逻辑下,更重要的是提高合理性优化的概率,所以我个人认为还是应该选择原理更好的gfn2xtb。当然,如果你没有体系横测,那可以看你喜好。
真·探

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125197

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-5-5 11:22:52 | 只看该作者 Only view this author
“得到和b3lyp/6-31g(d)接近的结果”没有意义,本来这就是个精度非常普通而且也不是算过渡金属配合物值得使用的计算级别,而且对于第三周期过渡金属靠后的元素6-31G*本身就很烂。

另一方面,GFN-xTB优化的精度是很糙的,GFN1-xTB对某个体系比GFN2-xTB看似更好有大概率是运气,缺乏足够的样本数什么也说明不了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

235

帖子

1

威望

1176

eV
积分
1431

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-5 11:50:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-5 11:22
“得到和b3lyp/6-31g(d)接近的结果”没有意义,本来这就是个精度非常普通而且也不是算过渡金属配合物值得使 ...

我计算的过渡金属络合物只有配位中心一个金属元素Ni,使用b3lyp/6-31g(d)是否合理呢?

35

帖子

1

威望

458

eV
积分
513

Level 4 (黑子)

7#
发表于 Post on 2021-5-5 12:42:39 | 只看该作者 Only view this author
星斗如盘 发表于 2021-5-5 11:50
我计算的过渡金属络合物只有配位中心一个金属元素Ni,使用b3lyp/6-31g(d)是否合理呢?

sob老師有發過選擇method與basis的方法
http://sobereva.com/336
http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html

要是我 會推薦你
PBE0/def2-SVP
wb97x-d/def2-TZVP

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
星斗如盘 + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

1万

帖子

0

威望

9896

eV
积分
22146

Level 6 (一方通行)

8#
发表于 Post on 2021-5-5 20:11:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-5-5 13:14 编辑
星斗如盘 发表于 2021-5-5 04:50
我计算的过渡金属络合物只有配位中心一个金属元素Ni,使用b3lyp/6-31g(d)是否合理呢?

首先,有过渡金属的体系一般不推荐B3LYP(也有例外,比如某些铁配合物用B3LYP效果还可以,不过必须有文献做过benchmark证明对于这个特定的金属、特定的价态、特定的自旋态和特定的配位数,B3LYP是靠谱的才行)。其次,必须加色散校正。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-27 00:08 , Processed in 0.182993 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list