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楼主 Author: 75uio
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[综合交流] 请教两条反应路径哪个更优势

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发表于 Post on 2022-2-9 12:08:57 | 只看该作者 Only view this author
gauss98 发表于 2022-2-9 09:50
很好的小程序
不过似乎没看到催化反应的例子?
另外,对于多分子反应,各个反应步骤自由能与温度强相关 ...

例子只是用来演示怎么对各种energy profile写输入文件,用于具体反应,应根据例子举一反三

自由能原则上应当根据实际模拟的温度来算。但对于反应过程中熵变不大的情况,如果只是为了快速地检验一下温度对反应进程的影响,那么假定相对自由能不受温度温度影响也可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-2-9 14:55:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-9 12:08
例子只是用来演示怎么对各种energy profile写输入文件,用于具体反应,应根据例子举一反三

自由能原则 ...

谢谢
只是催化反应涉及到 催化剂既是反应物之一又是产物之一,输入还没弄明白

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发表于 Post on 2022-2-9 15:07:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 12:29
对于俩物质之间反应过程,只要转化速率满足r=k[A]的一般性反应动力学关系,并且两类物质都可以用一般性的 ...

原则上确实如此。要是能进一步扩展成general-purpose的适用于做表面多相催化微观动力学的程序,那就非常强大了。目前大多数人都是联立方程,并做了很多近似来求解的,也不知道准确度和可靠性怎样,尤其是存在各步能垒都差不多的情况

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发表于 Post on 2022-2-9 15:09:29 | 只看该作者 Only view this author
gauss98 发表于 2022-2-9 09:50
很好的小程序
不过似乎没看到催化反应的例子?
另外,对于多分子反应,各个反应步骤自由能与温度强相关 ...

催化反应也是由各步基元反应构成,必然适用。温度也自然包括在了模拟的动力学公式里

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发表于 Post on 2022-2-9 15:23:35 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2022-2-9 15:09
催化反应也是由各步基元反应构成,必然适用。温度也自然包括在了模拟的动力学公式里

催化剂既是产物又是反应物
浓度必然也有耦合情况
似乎不能用简单情况套用

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发表于 Post on 2022-2-9 16:02:17 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
gauss98 发表于 2022-2-9 15:23
催化剂既是产物又是反应物
浓度必然也有耦合情况
似乎不能用简单情况套用

中间体不也是既是反应物又是产物吗?浓度的产生与消耗都考虑在方程组里了。可能真正比较麻烦的耦合是等价位点浓度的依赖关系

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发表于 Post on 2022-2-9 23:51:42 | 只看该作者 Only view this author
granvia 发表于 2022-2-9 15:07
原则上确实如此。要是能进一步扩展成general-purpose的适用于做表面多相催化微观动力学的程序,那就非常 ...

那是收费软件Athena Visual Studio(他们卖的倒也不贵)。具体问题还得自己写MATLAB code。

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发表于 Post on 2022-2-10 09:44:07 | 只看该作者 Only view this author
gauss98 发表于 2022-2-9 14:55
谢谢
只是催化反应涉及到 催化剂既是反应物之一又是产物之一,输入还没弄明白

这个目的应该可以这么实现(不过我没测试过):在$link里,把倒数第一个中间体和整条路径最初的反应物直接连上,并手动设置这一步的正、逆反应的k成实际最后一步基元反应的情况。这样,催化循环最后一步重新产生的催化剂直接就又纳入新的催化循环了。
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发表于 Post on 2022-2-10 09:48:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-10 09:44
这个目的应该可以这么实现:在$link里,把倒数第一个中间体和路径最初的反应物直接连上,并手动设置这一 ...

这个昨天弄通了,最后一步产物有 &

还有个问题,对于气相的怎么处理?
直接用gaussian计算的 自由能值,浓度用 1/22.4 吗?

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发表于 Post on 2022-2-10 10:34:34 | 只看该作者 Only view this author
gauss98 发表于 2022-2-10 09:48
这个昨天弄通了,最后一步产物有 &

还有个问题,对于气相的怎么处理?

我不清楚你是指气相单分子还是双分子反应。

单分子反应的话算自由能时不用特意考虑浓度,求自由能垒的时候压力(对应理想气体状态的浓度)设置产生的影响直接抵消掉了。

气相双分子反应的k无法由concvar自动产生,需要自己计算k直接写到输入文件里(比如用下面这个,很简单)。在concvar输入文件里用(M▪s)^-1的单位表示k,浓度用M为单位表示即可。
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
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发表于 Post on 2022-2-10 10:46:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-10 10:34
我不清楚你是指气相单分子还是双分子反应。

单分子反应的话算自由能时不用特意考虑浓度,求自由能垒的 ...

谢谢指点

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