求助计算分子的亲脂性logP的值是实验数据的10倍

chands · 发表于 Post on 2022-5-14 09:26:49

weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

我不知。有一堆文章给出logP的经验公式，基本思想是用分子基团、极化率等参数做拟合，中性分子居多，对盐类的拟合好不好我不知道。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-14 14:40:17

weixue 发表于 2022-5-14 02:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

没有必要不用公式啊，这公式才一次减法一次除法，又不麻烦，干嘛不用？
即使有软件可以不用这个公式来给你计算，那也是因为这个软件内部自动调用了这个公式，而不是因为这个软件可以不用这个公式。又因为这个公式也就是多按两次计算器的事，远比你学一种新的软件要容易，所以没必要只为了不用这个公式而去学其他软件。

weixue · 发表于 Post on 2022-5-14 18:29:52

wzkchem5 发表于 2022-5-14 14:40
没有必要不用公式啊，这公式才一次减法一次除法，又不麻烦，干嘛不用？
即使有软件可以不用这个公式来给 ...

我想用这个公式，但是我的分子没有晶体结构，导致我抗衡离子的位置不知道如何加，如果不加，则算出来比实验值大10倍

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-14 18:48:57

weixue 发表于 2022-5-14 11:29
我想用这个公式，但是我的分子没有晶体结构，导致我抗衡离子的位置不知道如何加，如果不加，则算出来比实 ...

可以用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验上已知抗衡离子是完全电离的话，也可以单独算抗衡离子，把自由能加到阳离子的自由能上面

weixue · 发表于 Post on 2022-5-14 18:53:20

wzkchem5 发表于 2022-5-14 18:48
可以用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）自动搜索抗衡离子的最优位置。如果实验 ...

您好，如果单独算的话，是直接优化抗衡离子吗？因为我的涉及到两个抗衡离子，两个的位置应该如何摆放。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-14 19:44:41

weixue 发表于 2022-5-14 11:53
您好，如果单独算的话，是直接优化抗衡离子吗？因为我的涉及到两个抗衡离子，两个的位置应该如何摆放。

对，直接优化单个的抗衡离子，然后把算出来的自由能乘以2，加到阳离子的自由能上去

weixue · 发表于 Post on 2022-5-14 20:08:32

wzkchem5 发表于 2022-5-14 19:44
对，直接优化单个的抗衡离子，然后把算出来的自由能乘以2，加到阳离子的自由能上去

非常感谢您的回复，请问有具体参考文献吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-14 20:52:37

weixue 发表于 2022-5-14 13:08
非常感谢您的回复，请问有具体参考文献吗

”如果离子完全电离的话，总体系的自由能等于各个离子的自由能之和“这是不言自明的，不需要用参考文献证明。至于你的体系是否真的是完全电离的，那可能需要用参考文献证明，但那个是你应该去查的，我不了解你的体系，也不可能找到相关的参考文献。

MolAICal · 发表于 Post on 2022-5-17 20:17:29

weixue 发表于 2022-5-14 09:00
您好！假如我不用公式计算，有什么理论计算软件能够比较好的计算logP吗，主要是想和实验进行对应

http://bbs.keinsci.com/thread-29619-1-1.html

你试试MolAICal这个教程，或者使用官方教程的2.5和5.1部分算一下LogP: https://molaical.github.io/tutorial.html

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[综合交流] 求助计算分子的亲脂性logP的值是实验数据的10倍