关于氢键能量的计算

captain · 发表于 Post on 2016-8-26 19:50:54

In Chem. Phys. Lett., 285, 170, the authors stated that for the hydrogen bond [X-H----O
(X=C,N,O)], the relationship between bond energy EHB and potential energy density V(r) at
corresponding BCP can be approximately described as
EHB=V(rbcp)/2
对于 [X-H----O (X=C,N,O)] 可以通过拓扑分析得到 V(r) 再计算氢键能量
那么不是这种类型的氢键如 O-H----N 怎么来计算或比较氢键能量呢
谢谢大师指导！

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-26 21:29:48

如果只是横向比较O-H----N，用BCP的V一样可以比较强弱
但靠V/2估计氢键键能，虽然也不是不能用，但误差应该大于X-H----O型
要精确计算就构建模型体系，相互作用只剩这部分氢键的时候计算相互作用能

captain · 发表于 Post on 2016-8-26 21:40:00

sobereva 发表于 2016-8-26 21:29
如果只是横向比较O-H----N，用BCP的V一样可以比较强弱
但靠V/2估计氢键键能，虽然也不是不能用，但误差应 ...

谢谢大师指点
横向比较O-H----N的意思是若干个同为O-H----N的氢键 V越负氢键能量也越负吗
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-26 22:22:30

captain 发表于 2016-8-26 21:40
谢谢大师指点
横向比较O-H----N的意思是若干个同为O-H----N的氢键 V越负氢键能量也越负吗
谢谢！

y

captain · 发表于 Post on 2016-8-26 22:33:27

sobereva 发表于 2016-8-26 22:22
y

captain · 发表于 Post on 2016-8-27 10:40:26

本帖最后由 captain 于 2016-8-27 10:59 编辑

sobereva 发表于 2016-8-26 22:22
y

还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 和 Energy density的单位是 Hartree 吗？
Density of all electrons 和 Laplacian of electron density 的单位是 a.u. 吗？
十分感谢！

1130240115 · 发表于 Post on 2016-8-27 10:53:10

captain 发表于 2016-8-27 10:40
还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 等其它能量的单位是 Hartree ...

单位都是a.u.只不过对于V(r)而言，1a.u.=1 Hartree=627.5095kcal/mol。

captain · 发表于 Post on 2016-8-27 11:00:35

1130240115 发表于 2016-8-27 10:53
单位都是a.u.只不过对于V(r)而言，1a.u.=1 Hartree=627.5095kcal/mol。

明白了谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-27 13:30:17

captain 发表于 2016-8-27 10:40
还有请问大师
multiwfn拓扑分析里输出的 Potential energy density V(r) 和 Energy density的单位是 Ha ...

凡是屏幕上没注明单位的，一律都是a.u.
你提到的这些量在拓扑分析模块里输出的都是a.u.，程序输出那些量的时候已经注明了
Note: Unless otherwise specified, all units are in a.u.
CP Position: 0.00000000000000 -1.38108827623100 -0.86301861813589
CP type: (3,-3)
Density of all electrons:  0.4139983149E+00
Density of Alpha electrons:  0.2069991574E+00
Density of Beta electrons:  0.2069991574E+00
Spin density of electrons:  0.0000000000E+00
Lagrangian kinetic energy G(r):  0.3373087347E-01

Hartree是原子单位制(a.u.)里面对于能量的单位，因此动能密度、势能密度、能量密度、静电势这些能量有关的量才能明确写为Hartree（因此7L说法不很确切，不是“只”对势能密度才是Hartree）。而诸如电子密度在原子单位制里是e/Bohr^3。
要想省事就都写a.u.就完了

1130240115 · 发表于 Post on 2016-8-27 13:56:40

sobereva 发表于 2016-8-27 13:30
凡是屏幕上没注明单位的，一律都是a.u.
你提到的这些量在拓扑分析模块里输出的都是a.u.，程序输出那些 ...

谢谢老师回复。

hellockh · 发表于 Post on 2017-3-7 21:26:14

你好，想问一下，用Multiwfn得到的V（r）就是V(rbcp)吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-3-7 21:59:50

hellockh 发表于 2017-3-7 21:26
你好，想问一下，用Multiwfn得到的V（r）就是V(rbcp)吗？

看你算什么位置的
V(r_bcp)特指BCP位置的V(r)
你用multiwfn主功能2找到对应的临界点，查看那个临界点的V(r)就是V(r_bcp)
详见
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108

hellockh · 发表于 Post on 2017-3-8 13:31:57

sobereva 发表于 2017-3-7 21:59
看你算什么位置的
V(r_bcp)特指BCP位置的V(r)
你用multiwfn主功能2找到对应的临界点，查看那个临界点 ...

谢谢sob老师！

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