非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题请教？

Chemlotus

各位老师好，我想模拟100个A'分子（A分子被催化后得到A',其呈现非电中性）的结合倾向（期望结果是：3个A’分子结合成团簇结构）。由于体系呈现非电中性，因此采用非周期性边界条件模拟。模拟中mdp文件参数设置如下（参考内容：http://bbs.keinsci.com/thread-24979-1-1.html及卢老师的培训教材）。
问题①：想请教下各位老师下述参数设置的是否合理？
integrator = md
dt         = 0.002  ; ps
nsteps     = 5000000 ; 10ns
comm-grps  = system
comm-mode  = Angular
;
nstxout = 5000
nstvout = 5000
nstfout = 5000
nstlog  = 5000
nstenergy = 5000
nstxout-compressed = 5000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype   = cut-off
rcoulomb      = 0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.5
tc_grps = system
ref_t   = 298.15
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
constraints = h-bonds
constraint-algorithm = LINCS

其次，由于100个A'分子未能填满盒子，因此在最终模拟结果中盒子里存在真空区域，我想采用NPT模拟以缩小盒子尺寸，在mdp文件中加入参数后，盒子的尺寸并未改变：
Pcoupl     = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
问题②：因此，我想请问下，这是我参数设置的有问题，还是非周期性模拟就不能用控压？（社长给的非周期性动力学模拟mdp文件中也并未控压，我不太清楚原理是什么）？
问题③：在我目前的模拟结果中，存在真空区域，也能观察到2~6个A'分子形成的团簇（期望结果是：3个A’分子结合成团簇结构）不均匀分布在盒子中，这样的结果可以用吗？
问题④：我想量化分析模拟结果中由2~6个A'分子形成的团簇结构，想请问下各位老师有没有什么建议，应该分析哪一些指标。
请各位老师不吝指教，万分感谢！

sobereva

你当前设置对应的是非周期性计算，根本没有盒子、压浴的事

我不知道具体结构是什么。但至少根据你已交代的条件，没什么理由只能形成3个分子的团簇，没法说当前结果不能用

分析什么指标取决于具体是什么体系、你的研究目的是什么