mcpb建带有水分子与金属配位的模型，MD存在问题求助

wtuwcwt

用MCPB建立了一个非血红素单铁酶的模型，其中铁存在一个水分子与其配位。水分子的力场参数用antechamber生成，在跑MD（最小化和加热）的时候发现水分子的两个氢原子会转向指向铁离子，且水分子的键角明显缩小，想请问有没有解决办法？谢谢各位。

student0618

检查拓朴成键参数 (amber mcpb 教程有说怎么检查)

检查原子电荷 (e.g. resp后的mol2)

wtuwcwt

student0618 发表于 2026-7-15 23:26
检查拓朴成键参数 (amber mcpb 教程有说怎么检查)

检查原子电荷 (e.g. resp后的mol2)

我看了铁与水分子氧的成键信息，是正常的。但我是修改了水分子的frcmod文件，把非键项的氢原子的范德华半径改成了0.8，之前生成的都是零，否则氢原子会包埋进铁里。但这种氢与铁配位的问题还是第一次见。

Serious

1 按照MCPB处理，铁和水分子氧成键，水分子氢与铁相连的另一个氧之间没有1-4 vdW interaction，而有1-4 elec，所以H会靠近O那头，而非“铁与H配位”。
2 加了水分子氢原子的范德华参数效果上会好些，但也许需要证明这是“合理的”做法。不然逻辑上有点古怪：结构有问题 -> 加了水的H的范德华参数 -> 结构没问题 -> 做法是对的。
3 有一做法是就针对这个水分子写个限制，参数和MCPB算得一样，限制键长、键角、二面角那些。就别放进成键项。