M06-2X加D3校正的问题

niobium · 发表于 Post on 2018-1-23 09:31:49

sob大大你好，刚刚看了你的“简谈量子化学计算中的泛函的选择 ”这篇文章，里面提到对弱相互作用体系比较合适的泛函之一是M06-2X-D3。在M06-2X中已经有了以弱相互作用的拟合，如果再加D3校正会不会过？一般来说是加好还是不加好？有没有相关文献讨论过这个问题？

谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2018-1-23 11:06:39

完全不会过。
D3不应当理解为是用来描述色散作用的，而是对你选择的泛函基础上进行校正以提高精度，只不过是对于色散作用描述极差的诸如B3LYP，D3主要作用才是起到描述色散作用的作用。D3的参数对每种泛函是不同的。M06-2X已经能很好描述色散作用，所以加了D3只会稍微改进一点精度，完全不会double-counting。明尼苏达系列泛函不能用BJ阻尼的D3是因为BJ阻尼下必然导致double-counting。这些问题Grimme都已经充分考虑了。

niobium · 发表于 Post on 2018-1-23 13:18:46

sobereva 发表于 2018-1-23 11:06
完全不会过。
D3不应当理解为是用来描述色散作用的，而是对你选择的泛函基础上进行校正以提高精度，只不过 ...

非常感谢！

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-1-14 14:22:51

本帖最后由星斗如盘于 2021-1-14 14:27 编辑

sobereva 发表于 2018-1-23 11:06
完全不会过。
D3不应当理解为是用来描述色散作用的，而是对你选择的泛函基础上进行校正以提高精度，只不过 ...

使用b3lyp-d3(BJ)/6-31g(d) 优化结构，使用b3lyp-d3(BJ)/6-311+G(d,p)计算能量怎么样？和M06/6-311+G(d,p)计算能量哪个更好呢？PS: M06貌似不能加d3(BJ)会报错

量化小菜鸡 · 发表于 Post on 2021-1-14 14:38:46

星斗如盘发表于 2021-1-14 14:22
使用b3lyp-d3(BJ)/6-31g(d) 优化结构，使用b3lyp-d3(BJ)/6-311+G(d,p)计算能量怎么样？和M06/6-311+G(d,p ...

你说的是M06-2X?这个只能加D3(也就是D3ZERO）不能加D3BJ. 有机体系算热力学现在用M06-2X好一点。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-1-14 15:00:59

量化小菜鸡发表于 2021-1-14 14:38
你说的是M06-2X?这个只能加D3(也就是D3ZERO）不能加D3BJ. 有机体系算热力学现在用M06-2X好一点。

不纯粹是有机体系，有一个过渡金属，所以使用了M06，但是直接写m06/genecp em=gd3bj就报错了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-1-14 17:12:17

星斗如盘发表于 2021-1-14 15:00
不纯粹是有机体系，有一个过渡金属，所以使用了M06，但是直接写m06/genecp em=gd3bj就报错了

M06同理，可以加GD3而不能加GD3BJ

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-15 07:52:27

星斗如盘发表于 2021-1-14 14:22
使用b3lyp-d3(BJ)/6-31g(d) 优化结构，使用b3lyp-d3(BJ)/6-311+G(d,p)计算能量怎么样？和M06/6-311+G(d,p ...

为什么不能加这里明确说了
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

如果被研究的问题只涉及有机配体部分，用M06-2X可以，如果牵扯到配位键部分，绝对不能用M06-2X，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-2-26 01:14:23

sobereva 发表于 2018-1-23 11:06
完全不会过。
D3不应当理解为是用来描述色散作用的，而是对你选择的泛函基础上进行校正以提高精度，只不过 ...

老师您好！请问D3对于M06-2X不会重复计算这个在D3的文献中有写吗？准备好好看一下然后保存下来，防止有些低水平的审稿人argue使用M06-2X-D3进行计算。谢谢老师！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-2-26 01:51:00

WaterMirror 发表于 2022-2-25 18:14
老师您好！请问D3对于M06-2X不会重复计算这个在D3的文献中有写吗？准备好好看一下然后保存下来，防止有 ...

可以引D3的原始文章https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3382344和D3BJ的原始文章https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/jcc.21759。
在argue的时候一定要指出，此处给M06-2X加的D3是用的zero damping而不是BJ damping，因此只描述了长程色散作用而没有描述中程色散作用，M06-2X本身则只有中程色散作用而没有长程色散作用，所以虽然两者都描述色散，却没有重复计算任何东西。其他泛函常用的D3BJ是既描述了长程色散作用又描述了中程色散作用，所以D3BJ是不能搭配M06-2X等包含中程色散作用的泛函的。
那些误以为M06-2X不能加D3的人，一般分两类：
（1）只用过D3BJ，没怎么用过基于zero damping的D3，因此误以为D3BJ的结论适用于所有DFT-D方法；
（2）用的不是高斯，而是关键词写法和高斯不同的其他软件。比如在ORCA里面写D3对应于D3BJ，写D3zero才是高斯的D3，所以你如果不把zero写出来，那从纯ORCA用户的视角看，可能就会误认为M06-2X-D3是错误的。

WaterMirror · 发表于 Post on 2022-2-26 12:42:27

wzkchem5 发表于 2022-2-26 01:51
可以引D3的原始文章https://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.3382344和D3BJ的原始文章https://onlin ...

谢谢老师详细的解答！

gaojiahao · 发表于 Post on 2024-10-29 08:38:45

各位老师好，对于D3较正只适用于H~Pu原子，那么对于Pu原子后的Am，Cm原子该怎么加D3较正呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-10-29 10:05:30

gaojiahao 发表于 2024-10-29 01:38
各位老师好，对于D3较正只适用于H~Pu原子，那么对于Pu原子后的Am，Cm原子该怎么加D3较正呢？

如果没有人拟合过这些元素的D3参数的话，可以不加。
或者也可以用wB97M-V等可以完全考虑长程色散的泛函

gaojiahao · 发表于 Post on 2024-10-30 16:17:11

wzkchem5 发表于 2024-10-29 10:05
如果没有人拟合过这些元素的D3参数的话，可以不加。
或者也可以用wB97M-V等可以完全考虑长程色散的泛函

好的，谢谢老师得回答。

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