求助自己组的服务器跑模拟，请各路大神点评一下

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-9 17:08:55

本帖最后由晓滨MD 于 2019-5-9 17:11 编辑

自己组了个服务器跑分子动力学模拟，但是跑了一个3200多个原子的体系500000步，最后跑MD速度巨慢
电脑配置如下：
处理器：英特尔 Xeon（至强) E5-2678 v3 @ 2.50GHz(X2)
主板：超微 X10DRL-i（Wellsburg）
内存：128G（三星 DDR4 2666MHz）
主硬盘：三星 SSD 860 EVO 250GB (250GB/固态硬盘）
显卡：ASPEED ASPEED Graghics Family （16MB/超微）
显示器：Topview（冠捷）LCD1901 1901 (19.1英寸）
网卡：英特尔 I210 Gigabit Network Connection/超微电脑型号：超微 super server main server chassis
系统：win10和centos7

qchem · 发表于 Post on 2019-5-9 18:26:53

上1080Ti之类的卡

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-9 20:09:36

qchem 发表于 2019-5-9 18:26
上1080Ti之类的卡

显卡吗

tomwong4253 · 发表于 Post on 2019-5-9 21:17:54

显卡换掉，随便一块NVIDIA的卡都能让你的模拟速度有质的飞跃。头铁就换2080之类的，求稳就换1080这种。

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-9 21:26:00

必须把细节说清楚，连用的什么程序、什么样的设定跑的都没提，谁也没法说怎么解决。不同程序、不同设定、不同力场，同样原子数跑MD速度甚至能差两三个数量级
如果诸如用gmx跑个3000多原子的盒子，不管用不用GPU加速，巨慢都是不可能的

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-10 08:10:37

sobereva 发表于 2019-5-9 21:26
必须把细节说清楚，连用的什么程序、什么样的设定跑的都没提，谁也没法说怎么解决。不同程序、不同设定、不 ...

好的，老师。我使用GROMACS联用GAFF力场，模拟用到的结构和拓扑文件都是用acpype生成的，体系是[Bmim][CH3COO]和甲酚。用到的参数在附件，请老师指导一下-

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-10 10:09:17

你的mdp以及机子配置本身没问题，应该很快就能算完。巨慢的话，没有更多信息，也不好确定。应该是软件层面的事

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-10 10:31:06

sobereva 发表于 2019-5-10 10:09
你的mdp以及机子配置本身没问题，应该很快就能算完。巨慢的话，没有更多信息，也不好确定。应该是软件层面 ...

谢谢老师。老师，如果我把原子数降到1000左右，模拟时间适当延长，这样得到的结果会不会很大的误差?

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-10 10:58:44

晓滨MD 发表于 2019-5-10 10:31
谢谢老师。老师，如果我把原子数降到1000左右，模拟时间适当延长，这样得到的结果会不会很大的误差?

不是原子数的事
正常情况下，你的配置，跑个几万原子都是很快的

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-10 11:20:09

sobereva 发表于 2019-5-10 10:58
不是原子数的事
正常情况下，你的配置，跑个几万原子都是很快的

现在用的是gromacs2019.2版本，老师我上传了模拟的log文件，我换个gromacs的版本再试试

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-10 16:29:52

晓滨MD 发表于 2019-5-10 11:20
现在用的是gromacs2019.2版本，老师我上传了模拟的log文件，我换个gromacs的版本再试试

又不是要跨节点，不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on，不要用所有逻辑核心做计算

晓滨MD · 发表于 Post on 2019-5-10 17:04:25

sobereva 发表于 2019-5-10 16:29
又不是要跨节点，不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on，不要用所有逻辑核心做计算

好的，谢谢老师

bobosiji · 发表于 Post on 2019-5-10 17:19:31

sobereva 发表于 2019-5-10 16:29
又不是要跨节点，不要用MPI版gmx
计算时候用-nt [CPU物理核心数] -pin on，不要用所有逻辑核心做计算

正解

乱用MPI，有时候gmx会只用1个core跑

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