审稿意见求助RDG 和AIM共同判断NH…C=N为氢键

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-14 11:57:15

各位老师好，有一个审稿意见需要向各位老师求助，谢谢大家

文章背景：采用wb97xd/def2svp优化复合物，用Multiwfn研究了RDG 和AIM，NH…C部分键临界点数据如下：ρ(r) 0.0248/a.u，∇2ρ(r)0.0548 /a.u，H(r) -0.0006/a.u.

共同分析出 NH…C为氢键（色氨酸的氨基和席夫碱的C原子），但审稿人因为C不是常规氢键受体，提出质疑。搜索文献时实验中也很少存在这类氢键。所以在此请教各位老师是不是我分析有误，图中标注蓝色区域是否属于氢键，如果是，具体属于哪类氢键，谢谢。

“the authors discuss a NH…C hydrogen bond (amine group of tryptophane and C atom of salphen). They need to comment since of course C is not a conventional hydrogen bond acceptor? Is it a hydrogen bond?”

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-10-14 17:00:01

NH...pi的可能性更大一些，仔细看一下结构。

sobereva · 发表于 Post on 2019-10-14 19:19:00

我看不见你的具体结构不好说清楚
如果C作为氢键受体，那只能是pi氢键，这么说的时候必须这个碳上有丰富的pi电子才行

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-14 20:33:12

本帖最后由小木可依于 2019-10-17 11:30 编辑

谢谢老师的回复，这是我的具体RDG图

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-14 20:33:44

图忘记压缩，对不起

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-14 20:46:32

yjmaxpayne 发表于 2019-10-14 17:00
NH...pi的可能性更大一些，仔细看一下结构。

谢谢老师回复，我研究体系是席夫碱salphen和色氨酸的相互作用

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-14 21:51:10

本帖最后由朙天儿于 2019-10-14 21:54 编辑

楼主复合物计算图与l6#gv图明显不一样（已排除其它部分），l6#图是对的。
计算图的salphen部分，从这个角度看，亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H。这样的话，色氨酸上的氨基氢就来找这个C了。而事实上更应该考察与此C相连的环与色氨酸-NH2相互作用。。自然应该是pi氢键。

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-15 09:32:49

朙天儿发表于 2019-10-14 21:51
楼主复合物计算图与l6#gv图明显不一样（已排除其它部分），l6#图是对的。
计算图的salphen部分，从这个角 ...

谢谢您的回复，RDG图是我的失误上传了亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H，正常的是没有少-H。所以说是蓝色位置的氢键属于NH-π

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-10-15 10:45:02

小木可依发表于 2019-10-14 20:46
谢谢老师回复，我研究体系是席夫碱salphen和色氨酸的相互作用

判断为NH...Pi没问题。

朙天儿 · 发表于 Post on 2019-10-15 11:55:46

小木可依发表于 2019-10-15 09:32
谢谢您的回复，RDG图是我的失误上传了亚水杨基与N相连的两个对称C分别少一个H，正常的是没有少-H。所以说 ...

即便是正常的图，蓝色位置考察的原子位置也不对。上面的N-N相连也不合理，还是因为H的关系。结构整体还是好好检查一下。

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-15 11:59:33

yjmaxpayne 发表于 2019-10-15 10:45
判断为NH...Pi没问题。

非常感谢您

小木可依 · 发表于 Post on 2019-10-15 12:01:20

朙天儿发表于 2019-10-15 11:55
即便是正常的图，蓝色位置考察的原子位置也不对。上面的N-N相连也不合理，还是因为H的关系。结构整体还是 ...

上面N-N为N=N双键，我会再仔细检查不犯这种的错误，谢谢您的建议

lijiayisjtu · 发表于 Post on 2020-2-12 15:26:53

小木可依发表于 2019-10-15 12:01
上面N-N为N=N双键，我会再仔细检查不犯这种的错误，谢谢您的建议

您好，这篇paper后来接受发表了么，有没有DOI号，想拜读下

小木可依 · 发表于 Post on 2020-2-16 18:35:57

lijiayisjtu 发表于 2020-2-12 15:26
您好，这篇paper后来接受发表了么，有没有DOI号，想拜读下

正在审稿，还没DOI

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[波函数分析求助] 审稿意见求助RDG 和AIM共同判断NH…C=N为氢键

浏览过的版块