CDA电荷分解的片段定义问题

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-30 19:48:58

老师：您好！我们在做CDA电荷分解的时候，需要定义两个片段，请问对于这两个片段的电荷或者是多重度进行定义的时候，我们是否有依据呢？对于已知的片段，我们可以根据常识，例如您给的例子中的CH3NH2(根据常识把片段CH3和片段CO定义为自由基），那请问，对于其他不知道的它是否带电荷（或者带几个电荷）或者是自由基的这种片段，我们需要怎样来定义它的电荷（自选多重度）呢？还是我们根据化学直觉去判断，如何保证总的电荷（自旋多重度）和复化合物是一致的就可以了呢？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-31 00:59:55

先确定要怎么划分，然后根据化学直觉、或者计算原子电荷加和为片段电荷，考虑怎么设定片段电荷合适。建议尽量让片段都是闭壳层状态，这样不用alpha和beta分别讨论，讨论方便些。

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-31 01:21:23

老师：首先，谢谢您这么晚了还帮我们解答问题！对于您说的我还有几点疑问：问1：您说“先确定要怎么划分”。是说：先要确定片段的组成吗？例如：[Sb3Au3Sb3]3-,这样一个Sandwich化合物，先确定片段1为Sb3,片段2为Au3Sb3,然后再判断它的电荷，是吗？问2：您说"计算原子电荷加和为片段电荷" 这个部分，是从out文件中的 Mulliken charges中看，还是需要重新算NBO的NPA电荷来看呢？

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-31 01:53:46

风飞发表于 2015-12-31 01:21
老师：首先，谢谢您这么晚了还帮我们解答问题！对于您说的我还有几点疑问：问1：您说“先确定要怎么划分” ...

1 是的
2 计算原子电荷的方法很多，见此文的对比讨论http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml。NPA几乎总是比Mulliken要好，但绝对不是唯一选择。

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-31 20:43:14

老师：您好！在对CDA的一个片段用高斯优化的时候，出现错误如下请问是怎么回事呢？谢谢！错误：” Symmetry not used in FoFCou.“我的输入文件：#p pbe1pbe/def2tzvp nosymm pop=full IOp(3/32=2)，第一个片段高斯优化正常结束，

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-31 22:56:16

风飞发表于 2015-12-31 20:43
老师：您好！在对CDA的一个片段用高斯优化的时候，出现错误如下请问是怎么回事呢？谢谢！错误：” Symmetry ...

这根本不是出错提示，不用管

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-31 23:03:28

可是它就是linkdie了

风飞 · 发表于 Post on 2015-12-31 23:12:18

本帖最后由风飞于 2016-1-1 09:53 编辑

风飞发表于 2015-12-31 23:03
可是它就是linkdie了

我的输入文件是:#p pbe1pbe/def2tzvp nosymm pop=full IOp(3/32=2),请问还有可能是什么原因呢？

风飞 · 发表于 Post on 2016-1-1 09:59:34

本帖最后由风飞于 2016-1-1 16:05 编辑

风飞发表于 2015-12-31 23:03
可是它就是linkdie了

老师：您好!首先祝您元旦快乐！抱歉的是在这过节之际还打扰您！附件是我之前报错（出现的错误是： Symmetry not used in FoFCou. Harris En= -1504.63199867423 JPrj=0 DoOrth=F DoCkMO=F. Leave Link 401 at Sat Dec 13 20:45:43 2014, MaxMem= 104857600 cpu: 10.0）的输入文件，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-1 12:52:09

风飞发表于 2016-1-1 09:59
老师：您好!首先祝您元旦快乐！抱歉的是在这过节之际还打扰您！附件是我之前报错（出现的错误是： Symmet ...

可能是bug，换成def2SVP试试。或者不写3/32=2试试（之后用fch文件作为CDA输入文件），或者换老版本试试

风飞 · 发表于 Post on 2016-1-1 13:20:35

本帖最后由风飞于 2016-1-1 13:30 编辑

sobereva 发表于 2016-1-1 12:52
可能是bug，换成def2SVP试试。或者不写3/32=2试试（之后用fch文件作为CDA输入文件），或者换老版本试试

老师：那对于其余片段和复合物是否需要统一下，例如：如果是第一种：换成def2SVP,是否需要重新优化，用def2SVP输出的那个结构文件，                                                                                     如果是第二种：另外的片段是否也不写3/32=2.
                                                                                    如果是第三种：之前您说高斯的老版本不直接支持def2TZVP,我是否需要拷入定义直接进行计算····
      最后：老师：高斯怎么这么多的bug呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-1 13:53:46

风飞发表于 2016-1-1 13:20
老师：那对于其余片段和复合物是否需要统一下，例如：如果是第一种：换成def2SVP,是否需要重新优化，用de ...

1 不用
2 如果你用fch文件作为输入，都不需要写任何IOp
3 从G09 B.01开始都支持直接写def2

风飞 · 发表于 Post on 2016-1-1 15:39:19

本帖最后由风飞于 2016-1-1 16:04 编辑

恩，好的，谢谢老师，我试了试，发现去掉IOP没有用，如果用第一种方法，基组换成def2svp,片段和化合物都要在def2svp下进行，是吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-1 20:23:51

风飞发表于 2016-1-1 15:39
恩，好的，谢谢老师，我试了试，发现去掉IOP没有用，如果用第一种方法，基组换成def2svp,片段和化合物都要 ...

对
片段和复合物计算基组必须严格一致

风飞 · 发表于 Post on 2016-1-16 20:47:56

本帖最后由风飞于 2016-1-26 10:56 编辑

老师：您好！在做CDA分解的时候出现闪退，可以麻烦您帮忙看看吗？我检查了关键词和原子序号，没找到原因，谢谢！

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