计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 16655|回复 Reply: 29
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[xtb] xtb6.2已经支持周期边界条件。

[复制链接 Copy URL]

36

帖子

0

威望

1894

eV
积分
1930

Level 5 (御坂)

今天刚收到的邮件,具体见:
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/versions.html

36

帖子

0

威望

1894

eV
积分
1930

Level 5 (御坂)

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 13:46:43 | 只看该作者 Only view this author
好像有点bug,提示出错
  1. forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
  2. Image              PC                Routine            Line        Source
  3. xtb                0000000002EC1FE4  Unknown               Unknown  Unknown
  4. xtb                00000000030A14B0  Unknown               Unknown  Unknown
  5. xtb                00000000007CC037  scc_core_mp_build         268  scc_core.f90
  6. xtb                00000000007C3333  scc_core_mp_scc_g         837  scc_core.f90
  7. xtb                0000000000BC82B5  scf_module_mp_scf         595  scf_module.f90
  8. xtb                00000000007E870E  single_mp_singlep          97  single.f90
  9. xtb                00000000004037AF  MAIN__.V                  579  program_main.f90
  10. xtb                0000000000400C2E  Unknown               Unknown  Unknown
  11. xtb                00000000030A327F  Unknown               Unknown  Unknown
  12. xtb                0000000000400B1A  Unknown               Unknown  Unknown
复制代码

280

帖子

0

威望

2294

eV
积分
2574

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2019-8-1 14:01:36 | 只看该作者 Only view this author
xtb6.2可以跑分子动力学(MD)模拟不?最多可以模拟多少原子,这个跑MD需要力场不?多谢~

186

帖子

0

威望

4130

eV
积分
4316

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2019-8-1 15:18:40 | 只看该作者 Only view this author
原子多会报越界错误

36

帖子

0

威望

1894

eV
积分
1930

Level 5 (御坂)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-1 15:58:55 | 只看该作者 Only view this author
plus 发表于 2019-8-1 15:18
原子多会报越界错误

谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

186

帖子

0

威望

4130

eV
积分
4316

Level 6 (一方通行)

6#
发表于 Post on 2019-8-1 16:16:58 | 只看该作者 Only view this author
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

不知道啊,你测试一下,参数支持到86号原子

239

帖子

0

威望

5249

eV
积分
5488

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2019-8-1 18:46:17 | 只看该作者 Only view this author
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示:
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2019-8-1 22:03:45 | 只看该作者 Only view this author
get-it 发表于 2019-8-1 18:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示:
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

没有
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2019-8-1 22:04:43 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-8-1 14:01
xtb6.2可以跑分子动力学(MD)模拟不?最多可以模拟多少原子,这个跑MD需要力场不?多谢~

跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2019-8-1 22:04:57 | 只看该作者 Only view this author
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

不多
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2019-8-1 22:06:02 | 只看该作者 Only view this author
这个xtb 6.2版本的几何优化有一定bug,比如6.1能顺利优化收敛的Li团簇,在6.2有极大概率优化失败(梯度模变得异常的大)
因此使用molclus结合xtb做团簇搜索的人不建议用当前的6.2版,而建议用6.1
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

330

帖子

0

威望

3016

eV
积分
3346

Level 5 (御坂)

计算化学路人甲

12#
发表于 Post on 2019-8-1 22:33:04 | 只看该作者 Only view this author

没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

13#
发表于 Post on 2019-8-1 22:36:55 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2019-8-1 22:33
没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢?

当前这个xtb 6.2在我来看就是不完整的(其实标题上也写的是6.2(RC)而不是6.2),不知道是grimme有意为之还是失误
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

280

帖子

0

威望

2294

eV
积分
2574

Level 5 (御坂)

14#
发表于 Post on 2019-8-1 23:04:43 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 bobosiji 于 2019-8-1 23:06 编辑
sobereva 发表于 2019-8-1 22:04
跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知

多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI(AB-initio)MD,可极化力场的MD,Reactive-MD,Classical-MD比,计算量相当于哪个水平呢?进一步的,xtb的计算精度相当于哪个水平呢?然后,xtb跑MD像可极化力场的MD啥的需要先有一套力场么;还是像 AI(AB-initio)MD那样不需要力场,设好基函数、截止半径就可以跑了?多谢提点~

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125127

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2019-8-1 23:21:59 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2019-8-1 23:04
多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI(AB-initio)MD,可极化力场的MD,Reactive-MD,C ...

AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况,基于半经验、GFN-xTB、DFTB等做动力学都可以算。

GFN-xTB耗时比一般的反应力场的动力学还是要高得多。但GFN0-xTB已经算是量子化学方法里耗时最接近于反应力场的了,有望在一定程度上代替它的应用范畴。

GFN1/2-xTB的精度高于多数反应力场,除非某个反应力场对于某类具体体系做了特别充分的参数化的那种情况。

xtb是基于量子理论的,显然根本不牵扯力场这个概念。只要体系里的元素是它支持的范围内,提供个初始结构直接就可以跑,不需要任何事先准备。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 09:26 , Processed in 0.196846 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list