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楼主 Author: fallleave
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[xtb] xtb6.2已经支持周期边界条件。

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发表于 Post on 2019-8-2 03:22:01 | 只看该作者 Only view this author
厉害了……估计反应力场快要凉了吧

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发表于 Post on 2019-8-2 03:48:00 | 只看该作者 Only view this author
get-it 发表于 2019-8-1 04:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示:
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

我也遇到了同样的问题,但我看文件包里有个.param_gfn.xtb,不知道是不是他们把文件名写错了

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发表于 Post on 2019-8-2 08:57:03 | 只看该作者 Only view this author
老版本里面有。放在程序目录下
.param_gfn0.rar (12.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 38)


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-3 10:13:28 | 只看该作者 Only view this author
plus 发表于 2019-8-2 08:57
老版本里面有。放在程序目录下

是的,6.1版本里面的拷贝过来就行了。

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发表于 Post on 2019-8-3 11:17:26 | 只看该作者 Only view this author
dftb+早资瓷了
B样条插值
个人专栏https://zhuanlan.zhihu.com/p/21936803

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发表于 Post on 2019-8-3 11:43:26 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
pyscf 发表于 2019-8-3 11:17
dftb+早资瓷了

dftb+的参数支持元素和体系非常有限,而且准确度堪忧

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发表于 Post on 2019-8-4 16:42:07 | 只看该作者 Only view this author

实际用一下你就知道xtb强大之处和DFTB+有多局限了

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发表于 Post on 2019-8-4 17:54:20 | 只看该作者 Only view this author
好东东,谢谢分享!

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发表于 Post on 2020-2-26 11:45:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-1 23:21
AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况,基于半经 ...

请问老师xtb的 pbc能和md结合起来用吗?

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发表于 Post on 2020-2-26 19:51:33 | 只看该作者 Only view this author
tjuptz 发表于 2020-2-26 11:45
请问老师xtb的 pbc能和md结合起来用吗?

没仔细看
反正CP2K里的GFN-xTB是可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-2-27 20:24:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-26 19:51
没仔细看
反正CP2K里的GFN-xTB是可以

谢谢老师,我在别的帖子里看到了,可以用ASE接口xtb做

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发表于 Post on 2020-4-28 09:46:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-1 23:21
AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况,基于半经 ...

sob老师,在看了Grimme的J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 5, 2847-2862文章中,提到了nanoreactor。是不是可以像ReaxFF一样对多种组分在设定温度下进行模拟,以MD的方式来考察thermal decomposition?这部分是不是需要使用周期性边界条件?

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发表于 Post on 2020-4-29 02:52:34 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2020-4-28 09:46
sob老师,在看了Grimme的J. Chem. Theory Comput. 2019, 15, 5, 2847-2862文章中,提到了nanoreactor。是 ...

我不知道你说的ReaxFF在当前语境下是指某个程序还是那个力场

单分子在真空中的热分解直接跑MD就行了,非常简单,不用PBC。如果是在凝聚相下模拟不稳定的分子的分解要么用PBC,要么施加球型限制势束缚着让溶剂分子不会跑走,xtb直接就支持。
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发表于 Post on 2020-6-1 22:16:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-29 02:52
我不知道你说的ReaxFF在当前语境下是指某个程序还是那个力场

单分子在真空中的热分解直接跑MD就行了, ...

sob老师,我指的是那个力场。在上面说的那篇JCTC中,4.2.4节提到了Miller-Urey System的模拟,这里实现的效果是不是比较接近反应力场呢?这种体系是否就是用PBC就可以了,没必要用球型限制势?这样的体系该怎么建模呢

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发表于 Post on 2020-6-10 13:02:24 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2020-6-1 22:16
sob老师,我指的是那个力场。在上面说的那篇JCTC中,4.2.4节提到了Miller-Urey System的模拟,这里实现的 ...

用球型势比用PBC省事多了
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