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[xtb] xtb6.2已经支持周期边界条件。

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发表于 2019-8-1 10:46:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
今天刚收到的邮件,具体见:
https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/versions.html

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 楼主| 发表于 2019-8-1 13:46:43 | 显示全部楼层
好像有点bug,提示出错
  1. forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
  2. Image              PC                Routine            Line        Source
  3. xtb                0000000002EC1FE4  Unknown               Unknown  Unknown
  4. xtb                00000000030A14B0  Unknown               Unknown  Unknown
  5. xtb                00000000007CC037  scc_core_mp_build         268  scc_core.f90
  6. xtb                00000000007C3333  scc_core_mp_scc_g         837  scc_core.f90
  7. xtb                0000000000BC82B5  scf_module_mp_scf         595  scf_module.f90
  8. xtb                00000000007E870E  single_mp_singlep          97  single.f90
  9. xtb                00000000004037AF  MAIN__.V                  579  program_main.f90
  10. xtb                0000000000400C2E  Unknown               Unknown  Unknown
  11. xtb                00000000030A327F  Unknown               Unknown  Unknown
  12. xtb                0000000000400B1A  Unknown               Unknown  Unknown
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发表于 2019-8-1 14:01:36 | 显示全部楼层
xtb6.2可以跑分子动力学(MD)模拟不?最多可以模拟多少原子,这个跑MD需要力场不?多谢~

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发表于 2019-8-1 15:18:40 | 显示全部楼层
原子多会报越界错误

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 楼主| 发表于 2019-8-1 15:58:55 | 显示全部楼层
plus 发表于 2019-8-1 15:18
原子多会报越界错误

谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

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发表于 2019-8-1 16:16:58 | 显示全部楼层
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

不知道啊,你测试一下,参数支持到86号原子

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发表于 2019-8-1 18:46:17 | 显示全部楼层
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示:
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

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发表于 2019-8-1 22:03:45 | 显示全部楼层
get-it 发表于 2019-8-1 18:46
你下的压缩包里有GFN0的参数吗。我运行xtb显示:
#ERROR! parameter file .param_gfn0.xtb not found!

没有
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发表于 2019-8-1 22:04:43 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2019-8-1 14:01
xtb6.2可以跑分子动力学(MD)模拟不?最多可以模拟多少原子,这个跑MD需要力场不?多谢~

跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知
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发表于 2019-8-1 22:04:57 | 显示全部楼层
fallleave 发表于 2019-8-1 15:58
谢谢,请教一下。我的体系80多个原子,算多吗?但是贵金属原子60多个。

不多
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发表于 2019-8-1 22:06:02 | 显示全部楼层
这个xtb 6.2版本的几何优化有一定bug,比如6.1能顺利优化收敛的Li团簇,在6.2有极大概率优化失败(梯度模变得异常的大)
因此使用molclus结合xtb做团簇搜索的人不建议用当前的6.2版,而建议用6.1
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发表于 2019-8-1 22:33:04 | 显示全部楼层

没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢?

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发表于 2019-8-1 22:36:55 | 显示全部楼层
Novice 发表于 2019-8-1 22:33
没有gfn0.xtb这个文件怎么进行GFN0计算呢?

当前这个xtb 6.2在我来看就是不完整的(其实标题上也写的是6.2(RC)而不是6.2),不知道是grimme有意为之还是失误
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发表于 2019-8-1 23:04:43 | 显示全部楼层
本帖最后由 bobosiji 于 2019-8-1 23:06 编辑
sobereva 发表于 2019-8-1 22:04
跟力场毫无关系
能跑多大体系显然看模拟的时间长度以及机子性能
实际一试便知

多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI(AB-initio)MD,可极化力场的MD,Reactive-MD,Classical-MD比,计算量相当于哪个水平呢?进一步的,xtb的计算精度相当于哪个水平呢?然后,xtb跑MD像可极化力场的MD啥的需要先有一套力场么;还是像 AI(AB-initio)MD那样不需要力场,设好基函数、截止半径就可以跑了?多谢提点~

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发表于 2019-8-1 23:21:59 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2019-8-1 23:04
多谢sob老师。或者我这么问 xtb跑MD的计算量和 AI(AB-initio)MD,可极化力场的MD,Reactive-MD,C ...

AIMD这个词的实际含义比起其字面意思更广。广义的AIMD包括各种基于量子化学方法做动力学的情况,基于半经验、GFN-xTB、DFTB等做动力学都可以算。

GFN-xTB耗时比一般的反应力场的动力学还是要高得多。但GFN0-xTB已经算是量子化学方法里耗时最接近于反应力场的了,有望在一定程度上代替它的应用范畴。

GFN1/2-xTB的精度高于多数反应力场,除非某个反应力场对于某类具体体系做了特别充分的参数化的那种情况。

xtb是基于量子理论的,显然根本不牵扯力场这个概念。只要体系里的元素是它支持的范围内,提供个初始结构直接就可以跑,不需要任何事先准备。
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