求助REAXFF、生成物统计、作图问题

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-20 15:30:39

Q1.REAXFF可以用来模拟两种反应物的化学反应过程吗，是不是必须得先有对应元素得力场文件？
Q2.如有多种反应生成物，如何统计归纳最后的产物分别是啥，有多少呢？
Q3.文献里好多图片都好好看，不知道是啥软件做出来的？

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-8-20 18:42:26

1、可以，是
2、可以自己写脚本对轨迹进行后处理统计，也可以用类似于lammps中的species命令的方式统计
3、一般的分子可视化软件都可以做，比如VMD

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-20 22:52:26

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“REAXFF/生成物统计/作图软件”改了，以后务必注意

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-20 22:53:31

Chemical Trajectory Analyzer可对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-21 08:53:07

fhh2626 发表于 2020-8-20 18:42
1、可以，是
2、可以自己写脚本对轨迹进行后处理统计，也可以用类似于lammps中的species命令的方式统计
3 ...

1.力场文件里是不是必须要包含可能生产物的相关信息呢
2.有木有例子可以分享一下呢
3.VMD似乎做不出这种效果呀，有木有其它推荐的软件
万分感谢回复！

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-21 08:53:36

sobereva 发表于 2020-8-20 22:52
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

谢谢！

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-21 09:31:58

sobereva 发表于 2020-8-20 22:53
Chemical Trajectory Analyzer可对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析：https://sourceforge.net/projects ...

谢谢社长，再请问您一下这个有木有教程呀，然后对离子晶体体系适用嘛

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-8-21 11:12:30

WB1040720479 发表于 2020-8-21 08:53
1.力场文件里是不是必须要包含可能生产物的相关信息呢
2.有木有例子可以分享一下呢
3.VMD似乎做不出这 ...

ReaxFF只包含元素级别的相关参数，不过使用的力场最好在拟合的时候和你的体系比较相近

VMD甚至可以做出比这个好得多的效果

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-21 12:04:51

fhh2626 发表于 2020-8-21 11:12
ReaxFF只包含元素级别的相关参数，不过使用的力场最好在拟合的时候和你的体系比较相近

VMD甚至可以做 ...

emmmmm,如果是元素级别的，是不是说只要是由这几种元素组成的物质都可以适用这个力场呀，还是说一种力场只是针对某一种体系的。关于VMD可能是我还不太了解哈哈，土木学生陆陆续续学了一年的分子模拟，到现在还是很迷茫。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-8-21 13:47:53

WB1040720479 发表于 2020-8-21 12:04
emmmmm,如果是元素级别的，是不是说只要是由这几种元素组成的物质都可以适用这个力场呀，还是说一种力场 ...

理论上是的

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-21 17:02:48

fhh2626 发表于 2020-8-21 13:47
理论上是的

请问一下，最后用反应力场下用lammps输出的xyz文件放到vmd怎么才能显示键的信息呢，我放进去以后都是vmd自己瞎连的。。。

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-21 19:28:19

zxs1127 发表于 2020-8-21 17:02
请问一下，最后用反应力场下用lammps输出的xyz文件放到vmd怎么才能显示键的信息呢，我放进去以后都是vmd ...

https://blog.csdn.net/qq_3134642 ... earnPai2-6.nonecase

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-22 09:45:32

WB1040720479 发表于 2020-8-21 19:28
https://blog.csdn.net/qq_31346429/article/details/105635208?utm_medium=distribute.pc_relevant.none ...

谢谢，但是这个只是前期的输入文件的转化呀，lammps最终输出的xyz文件放到vmd还是无法正常显示键信息

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-8-22 15:39:21

zxs1127 发表于 2020-8-22 09:45
谢谢，但是这个只是前期的输入文件的转化呀，lammps最终输出的xyz文件放到vmd还是无法正常显示键信息

你是做什么材料的呀

zxs1127 · 发表于 Post on 2020-8-22 15:41:53

聚合物氧化的，我把输出xyz文件放到vmd，键就自己瞎连。。。。我做的是氧化过程，好多键断裂，新键形成，VMD这么搞肯定不行

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