Gaussian09 D版本的编译

ORCA_in_TCC

第一次编译高斯源代码，那是无比的兴奋，零基础摸索到凌晨4点才搞定(我一博后师兄玩到3点)，过程艰辛，但是结果其实很简单。

如果用官方推荐的商业的波兰Fortran编译器pgf77，一切都是很简单的事情了，但是我们用的是免费版intel编译器，所以有些地方得改改：

# 将所有的删除命令全部注释掉

vi  bldg09

#  rm -f -r *.exe *.o *.a

#  rm -r -f temputil

#  rm mdutil.o

#  rm ${x}*.o

#  rm -f -r temputil

# 修改一下mkl数据库的路径

vi setup-make

else if ("$mach" =="ia64") then

  setfcname = "FCN=ifort"

  setblas = "BLAS='' UTIL_NAME='util.a'"

  setblasp = "$blas"

  setpstr = "-p"

  setfcflag = "FC='-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'"

  setfcflagp = "FC='-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent -p'"

  setfc2flag = "FC2='/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib/intel64/libmkl_ipf.a'"

setenv LINDA_FORTRAN 'ifort-L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib -WB -i8 -r8 -w -ftz -switchfe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe -static-intel -openmp -fpp2 -auto-O3 -fpemu=silent'

setenv LINDA_FORTRAN_LINK 'ifort -L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'

setenv POSTFL_FORTRAN 'ifort -L/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144/mkl/lib-WB -i8 -r8 -w -ftz -switch fe_new_cgoto -fp-relaxed -fp-speculation=safe-static-intel -openmp -fpp2 -auto -O3 -fpemu=silent'

vi set-mflags

   else if ("$hname" == "amd64") then

     if (-e $xname/istanbul.flag) then

       set mty = ""

       set blstr = "k10h64sse3"

       set specflag = "-Mx,39,0x10000000"

       set mflags = "$mflags X86TYPE='-DX86_TYPE=S'"

     else

       set mty = "k8-64"

       set blstr = ""

       setspecflag = ""

       endif

     set blasname = "amd64$blstr"

     set mflags = "$mflags OPTOI= MMODEL='-mcmodel=medium'SPECFLAG=$specflag

vi ia64.make

INTELDIR =/usr/intel/composer_xe_2013_sp1.2.144

MKLLIB =$(INTELDIR)/mkl/lib/intel64

# COMPDIR =$(INTELDIR)/lib/ia64   

# I8 machine

I8FLAG = -i8 -r8

I8CPP = -D_IA64_ -DP64 -DPACK64 -DUSE_I2-DI64 -DLITTLE_END -DNO_SBRK \

-DGCONJG=DCONJG -DGCMPLX=DCmplx -DGREAL=DREAL -DGIMAG=DIMAG \

-DUSE_LL -DMERGE_LOOPS -D_ALIGN_CORE_ -DDO_BKSPEF

GAUDIM = 2500

GAUDIMA = $(GAUDIM)00

GAUDIMR = $(GAUDIM)0

GAUDIMS = $(GAUDIM)

NISEC = -DDEFISEC=32

NJSEC = -DDEFJSEC=128

NKSEC = -DDEFKSEC=512

DIMENSX = $(INCDIR) -DDEFMAXRES=$(GAUDIMR)-DDEFMAXSEC=$(GAUDIMS) $(INCDIRG) $(PARFLAG) $(DEBUGP) -DDEFMAXSHL=$(GAUDIMA)-DDEFMAXATM=$(GAUDIMA) \

-DDEFMAXNZ=$(GAUDIMA) -DDEFNVDIM=257 -DDEFMAXSUB=80 -DDEFNBOMAXBAS=10000\

-DDEFARCREC=1024 -DDEFMAXXCVAR=40 -DDEFMAXIOP=200 -DDEFMAXCOORDINFO=32-DDEFMAXCHR=1024 -DDEFMOMEGA=5 -DDEFNOMEGA=6 -DDEFMAXXCNAME=25 -DDEFLMAX=13-DDEFMINB1P=100000000 \

-DDEFXGN3MIN=64 $(NISEC) $(NJSEC) $(NKSEC) -DDEFN3MIN=10 \

-DDEFMAXHEV=2000 -DDEFCACHE=128$(DEFCACHE) \

-DDEFMAXLECP=10 -DDEFMAXFUNIT=5 -DDEFMAXFFILE=10000 -DDEFMAXFPS=1300-DDEFMAXINFO=200 -DR16_OK \

-DDEFMAXOP=384 -DDEFMAXTIT=100 -DDEFMAXRTE=4000 -DDEFMAXREDTYPE=3-DDEFMAXREDINDEX=4 -DDEFMAXOV=500 -DDEFMXDNXC=8 -DDEFMXTYXC=10 $(CTDEBUG) \

$(BLASFLAG) $(PCMDIM) $(I8CPP) -DEXT_LSEEK

RUNCC = gcc

FFLAG0 = -mkl -openmp-no-prec-div -auto -axAVX -fpp3 -pad -WB $(I8FLAG) -w -ftz -fp-relaxed-static-intel -static-libgcc -fp_speculation=safe $(TESTFLAGS) $(PARSWITCH)$(DEBUGF) $(PROFFLAG) $(FPE)

LIBS =-lmkl_intel_thread -lmkl_core -lmkl_intel_ilp64 -liomp5 -lpthread -lm

vi  bldg09

else if ("$x" =="amd64") then

  @i386 = 1

  (cdbsd ; ln -s ia64.make g09.make)   

# 修改好后，最后开始编译，一切顺利的话估计得一个小时。

export g09root=/home/dongbo/g09d_rev

cd $g09root/g09

bsd/install

bsd/bldg09 all ia64 >& compile.log&

# 喜欢刷屏的可以敲一下下面这一行^_^

tail -f compile.log

beefly

Gaussian官方设定的编译器是PGI用于ia32/amd64/em64t，Intel用于ia64。虽然可以通过修改make.g09使Intel用于前者，但是有些计算类型的结果是错的。已知的一个是半经验，能量相差十万八千里，还有一个我忘了。编译以后，最好做一个半经验计算的测试，并和标准结果比较。

g03到g09的各种版本都有这个问题。当然，也可能是我自己改的make.g09参数有问题。

ORCA_in_TCC

用intel编译器编译确实会产生一些意想不到的结果，最后只能用sob老师提供的pgf77搞定的，并且编译简单而且是可以跨平台用的。

sobereva

G09比较好编译，当年编译G03真是费了老劲了。
一定要用PGF。ifort编译高斯需要折腾。

这里顺便把D.01之前的版本编译过程也贴上
Gaussian09 A02、C01 64bit编译方法
http://sobereva.com/81

Fedora7-64bit下编译Gaussian03-C02
http://sobereva.com/2

lao7

国内买不到代码版本的吧  楼主应该贴出来分享一下

ORCA_in_TCC

天朝有两个组有源代码，但是需要使用原代码的人都是需要签协议的。

lao7

你放出来 gaussian也不知道谁放的吧？能以个人的名义买代码版本的Gaussian吗？

beefly

lao7 发表于 2015-1-29 20:22
你放出来 gaussian也不知道谁放的吧？能以个人的名义买代码版本的Gaussian吗？

如果Gaussian在打包的时候加入了水印，可以查出来。

以前国外某服务器的Gaussian09.D的源代码忘了去掉全局访问权限，匿名用户都可以下载，不过很快就修改了。目前只有Gaussian09.C的源代码还可以下载。

北纬18°

哪有Gaussian09.C的源代码？

ORCA_in_TCC

Gaussian09的源代码远比一般的量化程序写得艰涩难懂，尽管它的输出还是不错的。

lao7

ORCA_in_TCC 发表于 2015-2-1 13:39
Gaussian09的源代码远比一般的量化程序写得艰涩难懂，尽管它的输出还是不错的。

个人买一套不知道要多少钱？64为linu的

ORCA_in_TCC

从美国直接买binary版本貌似是20K，但是从国内买的话据说是40K。

smutao

ORCA_in_TCC 发表于 2015-2-2 16:50
从美国直接买binary版本貌似是20K，但是从国内买的话据说是40K。

國內不賣源代碼

ZHANGZY

没听说过国内买源代码？弱弱问一句：为什么非要源代码？编译链接后速度会更快吗？ 对于大多数个人来说，意义不大

ORCA_in_TCC

买源代码当然是为了用源代码