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[GROMACS] 模拟有配体保护的金团簇在水中的动力学过程,生成拓扑文件的方法求助

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我想模拟的体系为:有配体保护的金团簇在水中的动力学过程,但是一直找不到如何生成拓扑文件的方法,请教大神帮助,谢谢!

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发表于 Post on 2021-3-14 15:50:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lacrimosa 于 2021-3-14 15:56 编辑

如果Au的力场参数没有成键项只有非键项,那你可以直接把原子的力场参数加在和它兼容的某个力场的ffnonbonded.itp中,然后自己写一个金原子的itp文件,再加进top文件里就好了
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发表于 Post on 2021-3-14 16:00:42 | 只看该作者 Only view this author
例如:
Au.itp
[ moleculetype ]
; molname   nrexcl
Au         1

[ atoms ]
; id    at type res nr  residu name at name  cg nr  charge   mass
1       Au    1       Au         Au       1      0.000        196.9665


top
#include "Amber.ff/forcefield.itp"
#include "Au.itp"

[ system ]
system

[ molecules ]
Au 50


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-14 18:01:25 | 只看该作者 Only view this author
Lacrimosa 发表于 2021-3-14 16:00
例如:
Au.itp
[ moleculetype ]

谢谢,我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇,您的这个方法是不是不太适用,有办法把整个体系生成一个拓扑么?

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发表于 Post on 2021-3-14 22:18:48 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-3-14 18:01
谢谢,我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇,您的这个方法是不是不太适用,有办法把 ...

那你可以试试写个n2t文件,用x2top生成, 具体的写法和格式可以参考GMX自带的力场文件
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发表于 Post on 2021-3-14 22:19:46 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-3-15 04:43:05 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2021-3-15 04:47:58 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-3-14 18:01
谢谢,我的体系是八个金核然后通过硫醇键连接了很多配体的金团簇,您的这个方法是不是不太适用,有办法把 ...

自己手写个[moleculetype],把所有金加入[atoms],配体原子也都加入[atoms],再手动加[bonds]、[angles]项让配体原子和接触的Au有成键项就完了。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-15 13:41:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:43
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

好的,下次注意~

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-15 13:53:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:47
自己手写个[moleculetype],把所有金加入[atoms],配体原子也都加入[atoms],再手动加、[angles]项让配体 ...

谢谢sob老师回复,还有两个问题想请教一下:
1、如果自己手写的话,[atoms]下元素表示和[bonds]、[angles]项下面的信息从哪里获得那?写完后还需要改其他相关文件信息吗?
2、我之前的方案是想按您之前生成配体拓扑的方法的帖子,用Automated Topology Builder(ATB,http://atb.uq.edu.au)或者CGenFF(https://cgenff.paramchem.org)来做,但是好像他们都只能用来做有机小分子。我的问题是有没有类似程序可以生成无机元素的拓扑的程序?还有一个是,既然chamm力场是全原子的力场,为什么用CGenFF生成含有Au元素的小分子拓扑的时候总会提示readmol2 warning: unrecognized element "Au"?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-15 13:57:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-15 04:47
自己手写个[moleculetype],把所有金加入[atoms],配体原子也都加入[atoms],再手动加、[angles]项让配体 ...

我想生成拓扑的团簇如附件所示谢谢!

1.pdb

26.93 KB, 下载次数 Times of downloads: 10

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发表于 Post on 2021-3-16 07:13:08 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-3-15 13:53
谢谢sob老师回复,还有两个问题想请教一下:
1、如果自己手写的话,[atoms]下元素表示和、[angles]项下 ...

参考模拟Au单质情况的[atoms]
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html

Au和配体之间的[bond]、[angle]里用的参数去文献里找,模拟Au连接配体的文章一大把,里面一般都会说用的什么参数,要么自行拟合。


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sobereva 发表于 2021-3-16 07:13
参考模拟Au单质情况的[atoms]
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268(http: ...

sob老师好,我按照下面这个方法生成金团簇的top,然后进行能量最小化,出现类似爆裂的构型,想请教您问题出在哪里?top、n2t和构型图如附件
《使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子 http://sobereva.com/268http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html)》

能量最小后构型图.png (98.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

能量最小化后构型图

能量最小化后构型图

Au-cluster.n2t

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Au-gluster.top

115.04 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

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发表于 Post on 2021-4-6 03:20:47 | 只看该作者 Only view this author
landian666 发表于 2021-4-5 11:28
sob老师好,我按照下面这个方法生成金团簇的top,然后进行能量最小化,出现类似爆裂的构型,想请教您问题 ...

我暂时没时间细看
那个博文是基于amber力场的。注意不同力场参数在定义时候的单位、函数形式的差别,并且仔细检查bond项是否符合实际的连接关系

当前这种问题要么LJ参数有问题要么成键项参数有问题要么拓扑关系有问题。另外所有原子电荷都为0也莫名其妙
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