计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 716|回复 Reply: 14
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助,跑gromacs能量最小化总是不收敛,请问如何检查结构是否合理?

[复制链接 Copy URL]

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
本帖最后由 YuniJ 于 2024-12-3 21:12 编辑

求助,跑gromacs能量最小化总是不收敛,请问第一步如何检查结构是否合理?

omicron.7z

2.82 MB, 下载次数 Times of downloads: 9

206

帖子

0

威望

1117

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

终身学习

2#
发表于 Post on 2024-11-30 23:55:18 | 只看该作者 Only view this author
不收敛具体指什么,最好把输入文件和输出简单放一下,不然不好判断具体的原因,是体系本身问题or步数上限太低or模拟条件不合理
Open source enables open science.

74

帖子

0

威望

1120

eV
积分
1194

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2024-12-1 21:07:31 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-11-30 23:55
不收敛具体指什么,最好把输入文件和输出简单放一下,不然不好判断具体的原因,是体系本身问题or步数上限太 ...

最好给出不收敛的具体情况,比如跑了多久,你的收敛限是多少
如果是结果不合理导致的,一般在后面正常跑nvt或者npt的时候会报错
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-12-2 03:43:02 | 只看该作者 Only view this author
影响能量极小化能不能收敛的因素多种多样,初始结构仅仅是一方面,别光盯着这个。拓扑信息不合理、mdp里能量极小化相关设置不合理等都可能导致这种问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 21:13:38 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-11-30 23:55
不收敛具体指什么,最好把输入文件和输出简单放一下,不然不好判断具体的原因,是体系本身问题or步数上限太 ...

老师,具体是能量最小化到300步就停止了,但是并没有达到能量最小化,导致npt没有办法正常进行。具体文件我已上传

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 21:14:01 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2024-12-1 21:07
最好给出不收敛的具体情况,比如跑了多久,你的收敛限是多少
如果是结果不合理导致的,一般在后面正常跑 ...

老师我已经上传了结果文件,跑npt的时候体系崩溃了

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-3 21:14:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-2 03:43
影响能量极小化能不能收敛的因素多种多样,初始结构仅仅是一方面,别光盯着这个。拓扑信息不合理、mdp里能 ...

请问老师当我们利用力场生成拓扑信息时,为什么会出现拓扑信息不合理的情况呢?

74

帖子

0

威望

1120

eV
积分
1194

Level 4 (黑子)

8#
发表于 Post on 2024-12-4 10:48:57 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
请问老师当我们利用力场生成拓扑信息时,为什么会出现拓扑信息不合理的情况呢?

因为信息是你自己给的,包括结构,电荷分布等等(当然也可以程序自己输出),你输入的信息出错,那生成的文件就会出问题
你这个拓扑文件创建的有问题吧,为什么信息这么少
如果你没有其他想法的话,建议先看看sob老师的例子http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html
以及他的工具http://sobereva.com/soft/Sobtop/
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120109

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2024-12-4 16:52:49 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
老师我已经上传了结果文件,跑npt的时候体系崩溃了

该说的这里都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

206

帖子

0

威望

1117

eV
积分
1323

Level 4 (黑子)

终身学习

10#
发表于 Post on 2024-12-4 22:29:06 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-12-3 21:14
老师我已经上传了结果文件,跑npt的时候体系崩溃了

没发现结构文件有什么问题,npt时体系崩溃是指什么报错信息
实在不行可以换用triclinic盒子跑跑看看
Open source enables open science.

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 11:33:58 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2024-12-4 10:48
因为信息是你自己给的,包括结构,电荷分布等等(当然也可以程序自己输出),你输入的信息出错,那生成的 ...

老师我这个是通过pdb2gmx创建的,因为他只有蛋白质,所以就直接通过gromacs进行创建了

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 11:34:21 | 只看该作者 Only view this author
Seyilaxa 发表于 2024-12-4 22:29
没发现结构文件有什么问题,npt时体系崩溃是指什么报错信息
实在不行可以换用triclinic盒子跑跑看看

就是一堆box的语句,然后崩溃了

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 11:34:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-12-4 16:52
该说的这里都说了
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

好的,谢谢老师!

74

帖子

0

威望

1120

eV
积分
1194

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2024-12-5 17:27:40 | 只看该作者 Only view this author
YuniJ 发表于 2024-12-5 11:33
老师我这个是通过pdb2gmx创建的,因为他只有蛋白质,所以就直接通过gromacs进行创建了

那我就不懂了,或者你试试不要加溶剂会不会好一点
今古北邙山下路,黄尘老尽英雄。
人生长恨水长东。
幽怀谁共语,远目送归鸿。
盖世功名将底用,从前错怨天公。
浩歌一曲酒千钟。
男儿行处是,未要论穷通。

106

帖子

0

威望

335

eV
积分
441

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-12-5 21:21:56 | 只看该作者 Only view this author
tsgyls 发表于 2024-12-5 17:27
那我就不懂了,或者你试试不要加溶剂会不会好一点

好的我试一下,谢谢老师

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 13:24 , Processed in 0.259080 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list