求助从fch文件中提取hessian矩阵，以及和ORCA的hess文件对应关系

bxu764

想法的初衷是把高斯频率计算产生的hessian转换成ORCA能使用的hess文件（ORCA的数值频率计算耗时极高）。但无奈对fch的格式不甚了解。
于是以水分子（N=3）频率计算为例，在hess文件中主要有hessian和normal_modes两个9X9的矩阵（3Nx3N），不是很清楚后者的含义是什么；在fchk里面搜“Cartesian Force Constants”看到的是一个9X5的矩阵。请问这个要怎么才能对映到orca的hessian呢？（我简单看了一下ORCA的9X9矩阵并不是对称的，一开始以为是fch只输出对称矩阵的左下角，但好像不是这样的，所以很迷惑。

让你变成回忆

http://sobereva.com/328
这篇博文了解一下

bxu764

让你变成回忆 发表于 2021-3-31 08:21
http://sobereva.com/328
这篇博文了解一下

感谢回复。我看了这个帖子。高斯fch里的Cartesian force constant是只输出了hessian矩阵的左下角，可以还原成博文里的那个样子。但我看了ORCA的hess文件里的矩阵不是对称的，也不知道这个矩阵是不是跟高斯输出的有相同的含义。

让你变成回忆

bxu764 发表于 2021-3-31 10:12
感谢回复。我看了这个帖子。高斯fch里的Cartesian force constant是只输出了hessian矩阵的左下角，可以还 ...

不是吧？
我刚才看了一下我这边ORCA计算得到的hess文件，里面的hessian矩阵是对角的呀？
15                     0                  1                  2                  3                  4
16     0      6.0969030920E-01   2.5723002914E-02   1.5459675512E-04  -3.1190022278E-01  -4.2036272649E-04
17     1      2.5723002914E-02   6.3916307039E-01  -3.3418309563E-04   4.3649489575E-04  -9.3815569505E-02
18     2      1.5459675512E-04  -3.3418309563E-04   7.3305443342E-02  -7.8852768592E-05   4.2764314974E-05
19     3     -3.1190022278E-01   4.3649489575E-04  -7.8852768592E-05   6.0968313443E-01  -2.5704737604E-02
20     4     -4.2036272649E-04  -9.3815569505E-02   4.2764314974E-05  -2.5704737604E-02   6.3918439057E-01

bxu764

让你变成回忆 发表于 2021-3-31 10:15
不是吧？
我刚才看了一下我这边ORCA计算得到的hess文件，里面的hessian矩阵是对角的呀？
15           ...

很奇怪，我的hess文件是这个样子的，完全不是对称的
$hessian
9
                    0                                  1                                 2                          3                  4        
    0     -1.0507581668E-02   2.2599832086E-10   1.1330081192E-10   5.2523758086E-03  -1.7893529875E-10
    1      2.0075573097E-10   7.2233540031E-01   8.8339000367E-11  -1.5448719755E-10  -3.6114367357E-01
    2      9.3436142136E-11   1.3680044278E-10   4.1591991843E-01   6.5598397063E-11   1.9938428376E-01
    3      5.2147150687E-03  -6.8634424595E-12   7.0155740786E-11  -1.6733582161E-03  -4.9758631742E-11
    4     -3.3417524627E-11  -3.6122734155E-01   1.9942692381E-01  -5.7137485582E-11   3.8580559088E-01
    5      3.7944304208E-11   2.5894689478E-01  -2.0797430946E-01  -8.0266774541E-11  -2.2918038641E-01
    6      5.2147149763E-03  -1.9072527095E-11   8.1628987831E-11  -3.5399419810E-03   4.7160009518E-11
    7     -1.9396269715E-11  -3.6122734172E-01  -1.9942692379E-01  -6.8918446245E-12  -2.4602275924E-02
    8     -1.3410307767E-11  -2.5894689466E-01  -2.0797430987E-01  -2.0714375388E-11   2.9740473580E-02
有可能是输入文件写的不对：
! b3lyp DEF2-TZVP FREQ
* XYZ 0 1
O                  0.00000000    0.00000000   -0.11081188
H                  0.00000000   -0.78397589    0.44324751
H                 -0.00000000    0.78397589    0.44324751
*


可以看看你的ORCA输入文件吗？感谢！

让你变成回忆

bxu764 发表于 2021-3-31 10:39
很奇怪，我的hess文件是这个样子的，完全不是对称的
$hessian
9

%pal
        nprocs 16
end

!BP86 DEF2-SVP OPT FREQ

%TDDFT
        NROOTS 5
        IROOT 1
END

*xyzfile 0 1 Ben_S1.xyz

bxu764

让你变成回忆 发表于 2021-3-31 10:53
%pal
        nprocs 16
end

看来是我的ORCA的问题，重装了一次就正常了。
还想请教一下：hess文件中的normal_modes矩阵是如何得到的呢？

weixy

你好，我想问一下，fchk文件如何转换成hess文件?