怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性？

ztchem · 发表于 Post on 2017-12-19 12:46:10

怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性？能通过这种方法确定分子开始分解的温度吗？输入文件应当怎样设定？谢谢高手指点

sobereva · 发表于 Post on 2017-12-19 19:26:03

可以，不同温度下去跑，看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200)，即通过velocity scaling方法使得温度维持在200K，每10步scale一次（即让温度立刻变成指定的温度）。利用1/89，还可以设定允许在指定的温度上下限多大范围内进行波动

ztchem · 发表于 Post on 2017-12-19 22:24:57

sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以，不同温度下去跑，看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

谢谢您。我先跑个例子熟悉一下，有问题再请教。

杜黎小松 · 发表于 Post on 2017-12-22 15:30:35

同学，不知道你这个ADMP是什么软件，可否有资料可传给我借鉴了解一下，我最近也在想怎么计算分子开始分解的温度？

ztchem · 发表于 Post on 2017-12-22 16:07:16

杜黎小松发表于 2017-12-22 15:30
同学，不知道你这个ADMP是什么软件，可否有资料可传给我借鉴了解一下，我最近也在想怎么计算分子开始分解的 ...

gaissian中的，调用关键词ADMP，具体查看gaussian说明手册

杜黎小松 · 发表于 Post on 2017-12-23 10:52:31

ztchem 发表于 2017-12-22 16:07
gaissian中的，调用关键词ADMP，具体查看gaussian说明手册

哦，谢谢，我去仔细看看

长颈鹿先森 · 发表于 Post on 2018-9-11 22:03:30

本帖最后由长颈鹿先森于 2018-9-11 22:08 编辑

sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以，不同温度下去跑，看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

sob老师，我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性，结果发现Potential energy和键长都处于上下震荡，这说明在1000K时分子没有分解吗？但是有文献说实验时900K就开始分解了，这是怎么回事呢？
第二问题是：势能的坐标是-0.5左右，我想变成200这种的数，该怎么做呢？我看论坛上您之前回复时说过用grep可以将数据导入到origin中，作图，请问grep是什么呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-12 05:27:59

长颈鹿先森发表于 2018-9-11 22:03
sob老师，我利用gaussian中的关键词ADMP计算了一个分子在1000K时的热稳定性，结果发现Potential energy和 ...

没分解，一看轨迹的动画就知道了
可能当前模拟设置有问题或者计算模型与实际情况缺乏可比性

图上点右键，应当有导出数据的选项

长颈鹿先森 · 发表于 Post on 2018-9-12 08:49:06

本帖最后由长颈鹿先森于 2018-9-12 10:11 编辑

sobereva 发表于 2018-9-12 05:27
没分解，一看轨迹的动画就知道了
可能当前模拟设置有问题或者计算模型与实际情况缺乏可比性

谢谢老师，save data就行，以前培训班还讲过类似的给忘了。我还想问如果是一个空间中给两个大气压，两种类型的分子A和B，再看热解情况，这种跟单独一种分子的热解就不一样了吧，那这种应该怎么做呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-12 10:13:18

长颈鹿先森发表于 2018-9-12 08:49
谢谢老师，save data就行，以前培训班还讲过类似的给忘了。我还想问如果是一个空间中给两个大气压，两种 ...

没法体现气压

长颈鹿先森 · 发表于 Post on 2018-9-12 14:24:01

sobereva 发表于 2018-9-12 10:13
没法体现气压

谢谢老师，那如果是常压下呢，想看看两种气体的热稳定性，什么温度开始分解，或者分解的自由基产物等有什么，输入文件应该怎么构建呢？

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-12 14:29:16

长颈鹿先森发表于 2018-9-12 14:24
谢谢老师，那如果是常压下呢，想看看两种气体的热稳定性，什么温度开始分解，或者分解的自由基产物等有什 ...

那就是每提升一点温度模拟一段时间，看到了什么温度出现分解现象，然后看得到什么产物
没经验的话可以先找点相关文章看看积累感觉

liuyjhx · 发表于 Post on 2019-4-2 10:56:22

sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以，不同温度下去跑，看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

老师，我模拟高聚物的最低热解温度我的命令应该怎么写？我下面写的这两种命令那个更适合？
#p b3lyp/6-31g* admp=(StepSize=2000,maxpoint=1000,ReadMWVelocity) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200) nosymm
#p pm6 admp(maxpoints=200) IOp(1/80=1000000,1/81=10,1/82=200)

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-2 17:34:33

liuyjhx 发表于 2019-4-2 10:56
老师，我模拟高聚物的最低热解温度我的命令应该怎么写？我下面写的这两种命令那个更适合？
#p b3lyp/6-3 ...

论精度显然b3lyp/6-31g*比PM6高得多

captain · 发表于 Post on 2019-4-23 22:35:26

sobereva 发表于 2017-12-19 19:26
可以，不同温度下去跑，看什么温度容易解离即可。计算时候需要热浴设定
诸如#p pm6 admp(maxpoints=200) I ...

请教大神
想模拟一个溶液体系，里面包含几十个溶剂分子，这种情况下必须要设定热浴吗？
谢谢！

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[Gaussian/gview] 怎样用ADMP计算单个分子的热稳定定性？

新手使用ADMP关键词时发现键长和势能震荡怎么回事