一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-17 05:59:04

用知名的CASF测试集测试了最主流的对接程序Autodock和后来的Vina，并与其它主流对接程序的精度做了对比，测试和讨论全面充分，文章有普遍意义，值得一看。
Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
Thomas Gaillard
J. Chem. Inf. Model. 2018, 58, 1697−1706

Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark.pdf (1.94 MB, 下载次数 Times of downloads: 582)

zsu007 · 发表于 Post on 2019-5-17 08:10:53

谢谢社长的分享！

yangchao · 发表于 Post on 2019-5-17 10:12:50

2018年度实际D3R竞赛测试下来 vina的表现烂得掉渣...

caohuiming · 发表于 Post on 2019-5-17 11:00:22

里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数，实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力（结合pose的RMSD），免费软件里面还是LEdock最强。

cokoy · 发表于 Post on 2019-5-17 12:27:57

caohuiming 发表于 2019-5-17 11:00
里面用到的DS和SYBYL的一推打分函数，实际都是不怎末用的。当然显得vina的能力很强。
比较对接能力（结合p ...

那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

caohuiming · 发表于 Post on 2019-5-17 12:45:47

cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein–ligand complexes: the prediction accuracy of sampling power and scoring power. Phys Chem Chem Phys18(18):12964–12975

cokoy · 发表于 Post on 2019-5-17 14:19:18

caohuiming 发表于 2019-5-17 12:45
可以参考这篇测评文献Comprehensive evaluation of ten docking programs on a diverse set of protein– ...

这是在LEDOCK首页上那篇吧，我以前看过，不过还是很感谢了。
http://www.lephar.com/software.htm

ene · 发表于 Post on 2019-5-17 14:46:51

cokoy 发表于 2019-5-17 12:27
那包括收费软件的话，哪款软件精度好一点，有相关的文献吗？

搜索构象上ledock很厉害了，只不过打分函数还有提升空间，对比glide的gscore之类还是有一点差距

azero · 发表于 Post on 2019-5-19 11:15:10

本帖最后由 azero 于 2019-5-19 11:20 编辑

ene 发表于 2019-5-17 14:46
搜索构象上ledock很厉害了，只不过打分函数还有提升空间，对比glide的gscore之类还是有一点差距

最近才开始用gold，貌似CHEMPLP打分总体略好点？
见到手册推荐这个，但不知道什么时候才选用goldscore，chemscore或ASP

stevenabing · 发表于 Post on 2019-5-20 09:43:09

分子对接软件，个人认为最好的是以前的Molgero（MVD）。
我多次试过，取个Complex，将原来的配体取出进行对接，基本上和原来是重叠的，而且操作简单。

lonemen · 发表于 Post on 2019-9-17 09:18:54

stevenabing 发表于 2019-5-20 09:43
分子对接软件，个人认为最好的是以前的Molgero（MVD）。
我多次试过，取个Complex，将原来的配体取出进行 ...

多谢推荐！

tjuptz · 发表于 Post on 2020-2-10 22:13:19

请问对于初学者而言，免费对接程序中哪个比较合适呢？autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高，而横测表示好像ledock在构象搜索上更胜一筹。另外，已经有那么多在线的服务器了，但与程序相比似乎没啥存在感，为啥呀……

sobereva · 发表于 Post on 2020-2-11 12:03:27

tjuptz 发表于 2020-2-10 22:13
请问对于初学者而言，免费对接程序中哪个比较合适呢？autodock似乎在用户群体与知名度上好像更高，而横测表 ...

ledock就挺好，容易上手，速度也不错

tjuptz · 发表于 Post on 2020-2-11 12:31:39

本帖最后由 tjuptz 于 2020-2-11 13:57 编辑

puzhongji 发表于 2020-2-11 12:22
特殊时期，ledock开发者免费提供专业版ledock：
lephar.com/product/ledock.zip
lephar.com/product/lepo ...

谢谢，没想到还有这个。另，这个群搜不到呀

tjuptz · 发表于 Post on 2020-2-11 14:04:27

sobereva 发表于 2020-2-11 12:03
ledock就挺好，容易上手，速度也不错

谢谢老师

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[文献推荐] 一篇全面测试Autodock、Vina和其它程序对接精度的文章(JCIM,2018)

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