蛋白质-配体分子复合物的动力学模拟grompp步骤出错

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-10 11:23:16

各位老师好，我最近在做蛋白质跟配体分子复合物的动力学模拟，已通过pdb2gmx与acpype分别产生了蛋白与配体的拓扑文件，现在试图在体系拓扑文件中包含配体分子的拓扑文件。将配体蛋白的itp文件引入到top文件，设置分子数后进行模拟，出现了如图所示的错误。

查阅相关博文后，预计错误可能是atomtypes是否在moleculetypes之前出现。但是对于我的文件，我不确定是不是这种错误，如果是的话，那如何修改我的文件。
才刚进行Gromacs模拟工作不久，可能有些东西还没完全明白，请各位老师指教！

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牧生 · 发表于 Post on 2021-11-10 11:27:44

本帖最后由牧生于 2021-11-10 12:36 编辑

和我以前一样的错误。需要将atomtype里面的内容，剪切到ffnonbonded.itp里面相同的位置。
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html 第四楼

uenh1998 · 发表于 Post on 2021-11-10 16:28:17

牧生发表于 2021-11-10 11:27
和我以前一样的错误。需要将atomtype里面的内容，剪切到ffnonbonded.itp里面相同的位置。
http://bbs.kein ...

感谢指导，问题已解决，我把itp放到拓扑文件前面引用即可

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[GROMACS] 蛋白质-配体分子复合物的动力学模拟grompp步骤出错

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