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[ORCA] 服务器安装的5.0 ORCA,为啥只能用1个核才能算?

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楼主
安装的5.0 ORCA,Linux,只能设置1个核,再设置多就报错,报错如下:

sh: mpirun: 未找到命令

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 10  /usr/local/orca5/orca_gtoint_mpi D1.int.tmp D1
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run


inp文件如下:


! B3LYP/G TZVP RIJCOSX miniprint tightSCF NoFinalGridx
%maxcore  3000
%pal nprocs 10 end
%tddft
nroots 2
dosoc true
tda false
printlevel 3
end
* xyz 0 1




求教啊!

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发表于 Post on 2022-2-13 09:50:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 DoorBell 于 2022-2-13 09:52 编辑

这,没装openMPI啊……
仔细看社长的ORCA安装博文:http://sobereva.com/451
2.1 安装OpenMPI

ORCA在Linux下是通过OpenMPI这种MPI库实现并行的。ORCA文件包的文件名当中直接体现了要求的OpenMPI库版本,比如文件名里有openmpi313就代表需要OpenMPI 3.1.3。所有版本的OpenMPI源代码都包可以在https://www.open-mpi.org上下载,比如3.1.3的下载地址为https://download.open-mpi.org/re ... enmpi-3.1.3.tar.bz2。并行方式运行ORCA之前需要先编译OpenMPI库。

用诸如tar -xjf openmpi-3.1.3.tar.bz2命令解压之,进入此目录,输入以下命令,程序就会被安装到/sob/openmpi313目录下
./configure --prefix=/sob/openmpi313 --disable-builtin-atomics
make all install -j
注:这里用-j是为了通过并行编译降低编译过程耗时。但如果编译中途出现诡异报错,请去掉-j再试。

如果你的操作系统的shell是bash,就编辑用户目录下的.bashrc文件,比如用vi ~/.bashrc命令,将诸如以下两行加入到文件末尾
export PATH=$PATH:/sob/openmpi313/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi313/lib
然后重新登录机子或者重新打开命令行,以上设置就生效了,可以输入比如mpiexec -V,如果正常显示出了OpenMPI的版本,说明已经装好了。之前解压出来的openmpi-3.1.3目录现在也可以删掉了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-13 11:47:00 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2022-2-13 09:50
这,没装openMPI啊……
仔细看社长的ORCA安装博文:http://sobereva.com/451

大神可以帮忙在我服务器安装下吗?可以有偿,我给你发个消息,我的qq号,可以的话你加下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-13 11:51:14 | 只看该作者 Only view this author
DoorBell 发表于 2022-2-13 09:50
这,没装openMPI啊……
仔细看社长的ORCA安装博文:http://sobereva.com/451

已经发您消息啦,求助!

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发表于 Post on 2022-2-13 12:24:42 | 只看该作者 Only view this author
看看这个管用不:
(已解决)求助:ORCA在超算安装完成后,只能在命令行界面运行而无法提交运行
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 4&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-2-13 16:13:58 | 只看该作者 Only view this author
topkzq 发表于 2022-2-13 04:47
大神可以帮忙在我服务器安装下吗?可以有偿,我给你发个消息,我的qq号,可以的话你加下。

这也不麻烦,只要能看懂英语,按照OpenMPI自带的INSTALL文件的指示按部就班装就行。何况上面还有sob老师的中文版安装说明。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-2-13 16:35:35 | 只看该作者 Only view this author
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