求助：生成拓扑文件错误，grompp报错

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-5-6 20:22:04

本帖最后由 qq1020935287 于 2022-5-6 22:36 编辑

各位老师好，我使用sobtop生成四种分子的itp文件，主要使用gaff力场拟合的参数，其中将四个itp文件的atomtypes合并加到了top文件的#include 前面，在grompp 时报错atomtypes 错误，放到#include 后面报错moleculetype错误，请问是哪里出现纰漏了吗

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-6 21:25:39

和我以前一样，解决办法看http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-5-6 22:23:22

牧生发表于 2022-5-6 21:25
和我以前一样，解决办法看http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

俺把atomtypes都剪切到top文件了啊

牧生 · 发表于 Post on 2022-5-7 07:41:57

qq1020935287 发表于 2022-5-6 22:23
俺把atomtypes都剪切到top文件了啊

第2楼看一下。当然不限于amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp，应该是你当前所使用力场的ffnonbonded.itp的里面

qq1020935287 · 发表于 Post on 2022-5-7 09:46:25

牧生发表于 2022-5-7 07:41
第2楼看一下。当然不限于amber99sb-ildn.ff/ffnonbonded.itp，应该是你当前所使用力场的ffnonbonded.itp ...

谢谢您！已解决！

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