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[新手求助] 结构优化请教,觉得能量最低的并不是最合理的

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各位老师大家好,最近做了一个结构高斯模拟 PBE0 6-31G(D)
模拟出来的能量最低值的模型 我觉得并不是最合理的,而且和我觉得合理的能量差的不多
模型一就是整个键角翻转过来了

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发表于 Post on 2022-11-28 10:17:39 | 只看该作者 Only view this author
把结构图贴完整,用的关键词贴完整,要么直接上传压缩后的输出文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 10:59:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 10:17
把结构图贴完整,用的关键词贴完整,要么直接上传压缩后的输出文件

好的,马上传一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 11:05:29 | 只看该作者 Only view this author
#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water),感谢sob老师批评指正

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发表于 Post on 2022-11-28 11:12:39 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-11-28 11:05
#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water),感谢sob老师批评指正

你的分子柔性很大,两个构象之间只差8 kJ/mol左右,建议做构象搜索。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 15:41:33 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-28 11:12
你的分子柔性很大,两个构象之间只差8 kJ/mol左右,建议做构象搜索。

没做过,我去找找

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发表于 Post on 2022-11-28 16:29:08 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2022-11-28 15:41
没做过,我去找找

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 5&fromuid=24601
(出处: 计算化学公社)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 19:45:08 | 只看该作者 Only view this author
fffff 发表于 2022-11-28 16:29
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php ...

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发表于 Post on 2022-11-28 19:47:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-11-28 12:48 编辑
奶啵啵 发表于 2022-11-28 04:05
#p pbe1pbe/6-31g(d) em=gd3bj int=fine opt freq scrf(pcm,solvent=water),感谢sob老师批评指正

另外注意,除非体系酸性很强(例如pH<2),否则这里的磷酸应该有一部分是电离的。磷酸是否电离对构象影响会很大。
类似地,可以注意一下苯胺基团在实验的pH下是否会被质子化
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 19:59:31 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-28 19:47
另外注意,除非体系酸性很强(例如pH

ph=6应该不会质子化,哎,新手又要开始学习了

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