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[VMD] VMD中原子编号显示与化学键

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Sob老师与各位老师同学好,在使用VMD中有2个问题,希望得到解答。
1.在gaussview中选择view中labels可对分子或团簇系统中原子自动编上号,选择symbols可显示原子名称,在multiwfn也能显示上述功能,请问在用VMD显示时,如何实现和在gaussview中具有同样编号原子显示呢,尤其本人团簇结构原子较多,希望在VMD中能够显示同样的原子顺序编号,以便于相关分析。

2.Sob老师曾说明关于VMD中化学键的结构图中出现原子而没有化学键,是因为原子间距离太远,没被判断成键,通过mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原子让它们成键,或是另一种做法drawing method改成dynamic bond,把判断成键的阈值调大。本人的团簇结构,优化后一部分显示了正确的化学键,另一部分化学键没有显示,原因和上面解释相同,由于团簇结构较大,未正确显示键的原子很多,我想问的是,除了上面的方法,即通过mouse-add/remove bond功能,点击相应两个原子让它们成键外,能否有方法在一个分子结构中只选择部分原子,即是那些干未成键原子,利用类似dynamic bond的方法,通过调整阈值成键,即如何实现分子或团簇中两部分原子成键阈值条件不同。

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发表于 Post on 2016-8-15 12:33:36 | 只看该作者 Only view this author
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

用create rep按钮创建多个显示方式,不同的representation用的selected atom不同,就可对不同范围用不同显示方式了。比如输入serial 5 8 to 14就可以选中5,8~14号原子。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-15 12:43:04 | 只看该作者 Only view this author
十分感谢,我去试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-16 17:17:16 | 只看该作者 Only view this author
Graphical representation 中按照Sob老师的方法,创建新rep将标号A-B的若干原子在selected atoms中利用serial A to B,同时drawingmethod 调出dynamicbonds,通过调节distance cutoff实现自动化学键连接,化学键粗细可调节radius。
现有有3个问题,还望Sob老师告知解决办法啊?1.通过调整distance cutoff,选定的团簇中未成键的原子绝大多数间有了合适化学键,但是有一个原子始终未成键,能是什么原因的。2.通过mouse add bonds添加的原子间化学键,化学键粗细如何调节。3保存的viewmaster中的 .tcl 文件,下次load时,mouse手动添加的化学键消失了,其他上次设定信息都在,如何能保持mouse添加的化学键呢。

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发表于 Post on 2016-8-16 19:43:33 | 只看该作者 Only view this author
1 具体情况不清楚,不好说
2 比如用licorice显示方式,调大bond radius即可
3 把键都设好后,运行atomselect top all,比如之后显示atomselect0,然后输入atomselect0 getbonds,得到连接关系列表,比如
{10 8 1} {2 0 9} {1 7 3} {2 20 4} {5 21 3} {6 4 22} {7 23 5} {8 6 2} {24 7 0} 1 {11 12 0} {13 10 14} {15 29 10} {11 15 16} {11 25} {13 12 17} {25 13 18} {19 28 15} {26 16 19} {18 17 27} 3 4 5 6 8 {16 14} 18 {19 29} 17 {12 27}
下次载入后输入
atomselect top all
atomselect0 setbonds {{10 8 1} {2 0 9} {1 7 3} {2 20 4} {5 21 3} {6 4 22} {7 23 5} {8 6 2} {24 7 0} 1 {11 12 0} {13 10 14} {15 29 10} {11 15 16} {11 25} {13 12 17} {25 13 18} {19 28 15} {26 16 19} {18 17 27} 3 4 5 6 8 {16 14} 18 {19 29} 17 {12 27}}
即可。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-16 20:55:48 | 只看该作者 Only view this author
太感谢Sob老师了,我试着去做。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-24 12:03:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dashuo 于 2016-8-24 12:07 编辑

关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawing method选CPK,selections keyword选择相应元素,Coloring Method 选ColorID改变C,H原子颜色,但是C,H原子间化学键颜色没有变化,如果要调节化学键颜色和相应两侧原子匹配,请问如何调节呢。

QQ截图1.png (9.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 125)

QQ截图1.png

QQ截图2.png (6.86 KB, 下载次数 Times of downloads: 130)

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发表于 Post on 2016-8-24 17:49:52 | 只看该作者 Only view this author
dashuo 发表于 2016-8-24 12:03
关于原子间化学键颜色调节问题请教Sob老师。
在VMDGraphical representation 中建立相应Create Rep ,Drawi ...

你把键的半径设粗点,覆盖原先的representation就行了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-24 19:52:30 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,按照您提示的方法,新建representation我改了相应C原子颜色后,增加 bond radius,C-C间化学键可以变化,再次新建representation,改变H原子颜色后,增加 bond radius,C-H间化学键却没有变化,但是改变sphere scale,H大小可变,为何C-H间化学键bond radius调节无效呢?

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发表于 Post on 2016-8-24 23:29:11 | 只看该作者 Only view this author
dashuo 发表于 2016-8-24 19:52
Sob老师,按照您提示的方法,新建representation我改了相应C原子颜色后,增加 bond radius,C-C间化学键可以 ...

不清楚你具体怎么设定的
同一个representation里把H和C同时包括,这个representation才会也包括C-H键。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-8-25 15:59:56 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问如何实现在同一个representation里选定两个元素,并调节为不同颜色呢?比如我在同一个representation先选定C元素后,通过coloring method colorId选择银色颜色,如果接下来在同一个representation selected atom 中增加H元素,H的元素选定白色,此时C也变为白色了。

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发表于 Post on 2017-5-18 22:41:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-15 12:33
在VMD中显示原子序号的方法
http://sobereva.com/197

sob老师,按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l,会出现下面的提示,然后输入name并没有显示出序号。想请问您,您写的这个tcl应该没有版本的限制吧,我这个不是最新版本的VMD。我打开的是14400个原子gro文件。不知道是否有问题。?非常感谢您。

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发表于 Post on 2017-5-19 01:14:37 | 只看该作者 Only view this author
guoy14iccas 发表于 2017-5-18 22:41
sob老师,按照你的指示把atmlab.tcl 拷贝到VMD下。之后在命令行输入字母l,会出现下面的提示,然后输入na ...

如果没有写在vmrc里面,那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console,ls一下看看那个文件在不在当前目录下。在的话play atmlab.tcl或者source atmlab.tcl之后就可以用了。

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发表于 Post on 2017-5-22 08:59:20 | 只看该作者 Only view this author
stecue 发表于 2017-5-19 01:14
如果没有写在vmrc里面,那你必须先运行这个脚本。最好打开Tk console,ls一下看看那个文件在不在当前目录 ...

好,非常感谢~

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发表于 Post on 2019-1-8 20:07:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-8-16 19:43
1 具体情况不清楚,不好说
2 比如用licorice显示方式,调大bond radius即可
3 把键都设好后,运行atomsel ...

老师,请问一下VMD设置成白背景之后,整个界面原子及等值面上有点泛白,没有像您做的图那样颜色鲜亮,请问您知道是什么原因吗?非常感谢

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