计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 506|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[任务提交/队列管理] 提交VASP进行分子模拟结果程序报错

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

137

eV
积分
143

Level 2 能力者

请问一下各位大神遇到这种情况应该怎么处理呢?
我的模块加载也是正常的,出现这种情况应该怎么办?

1c48c03b10081b0cce7ed000ae2896e.png (48.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

这是job.err文件

这是job.err文件

3db69100ddf13c1a19a4abcfcaafc7e.png (145.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

这是我提交任务的脚本文件.sh

这是我提交任务的脚本文件.sh

1060

帖子

0

威望

3256

eV
积分
4316

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-1-23 15:12:10 | 只看该作者 Only view this author
我的模块加载也是正常的,出现这种情况应该怎么办?


睁眼说瞎话…… 你看看你自己的第一张截图,明显模块没有正常加载……

line 35 到 line 39 报错写得清清楚楚, module: command not found。

你的第二张截图正好能对应第 35 行至第 39 行就是加载模块的命令。

6

帖子

0

威望

137

eV
积分
143

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-24 16:02:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 phoenix 于 2024-1-24 16:59 编辑
乐平 发表于 2024-1-23 15:12
睁眼说瞎话…… 你看看你自己的第一张截图,明显模块没有正常加载……

line 35 到 line 39 报错写得 ...

那请问我该怎么解决这个问题呢?

1060

帖子

0

威望

3256

eV
积分
4316

Level 6 (一方通行)

4#
发表于 Post on 2024-1-25 10:31:42 | 只看该作者 Only view this author
phoenix 发表于 2024-1-24 16:02
那请问我该怎么解决这个问题呢?

先在命令行里 module add XXXX 试试看能不能正常加载相应的库,比如你的第 35 行

  1. module add mpi/intelmpi/2017.4.239
复制代码

看看是否报错,如果报错的内容跟你截图的报错内容一致,那说明你的集群里根本没安装 Environment Modules。

如果没报错,然后输入
  1. which mpirun
复制代码


看看是否正常加载了 intel mpi,会输出 mpi 的版本号

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 16:28 , Processed in 0.209140 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list