使用Molclus程序调用xTB程序对10个原子团簇优化总是出错

philartist · 发表于 Post on 2022-8-31 16:15:18

本帖最后由 philartist 于 2022-8-31 16:24 编辑

我用Molclus 1.9.9.9版本调用xtb 6.5.0版本在GFN0-xtb级别下对包含主族金属的团簇的负离子体系进行几何优化任务时，曾多次遇到过对10个原子的团簇体系报错的情况，不论十个原子相同还是不同，也不论genmer产生的初猜结构好还是不好，而对其他数目的团簇体系并没有发现这种问题。具体报错的情况是，在命令行里执行了./molclus > out.txt &之后，命令行中紧接着会出现下面这种报错
*** Error in `xtbforrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
sh: line 1: 15044 Aborted                (core dumped) xtb xtb.xyz --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
*** Error in `forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
sh: line 1: 15566 Segmentation fault    (core dumped) xtb xtb.xyz --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
*** Error in `forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
xtb': malloc(): memory corruption: 0xforrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
sh: line 1: 16216 Aborted                (core dumped) xtb xtb.xyz --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
sh: line 1: 16732 Aborted                (core dumped) xtb xtb.xyz --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
......
同时其他正在运行的xtb的任务也会变得非常慢，服务器此时甚至会卡顿，打开Molcus产生的out.txt文件查看发现，提示出现Cannot find .xtboptok file!这个错误，找不到.xtboptok这个文件，且每一个任务运行的时间极长（几十秒甚至上百秒），远比正常运行xtb时每个优化任务0~1秒要慢得多

                     *** Configuration    1  ***
Current date: 2022-08-31 Time: 03:51:54
Loading geometry       1 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    79 s

                     *** Configuration    2  ***
Current date: 2022-08-31 Time: 03:53:13
Loading geometry       2 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    101 s

                     *** Configuration    3  ***
Current date: 2022-08-31 Time: 03:54:54
Loading geometry       3 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt extreme --gfn 0 --chrg -1 --uhf 1 > xtb.out
Error: Cannot find .xtboptok file!
The task is failed!
Wall clock time elapsed for calculating this configuration:    78 s
......
请问大家有没有遇到过这种情况，出现这种情况是为什么，应该怎么解决？
谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2022-8-31 19:29:04

诸如此类情况，先手动用xtb对其中一个进行计算，看输出信息是什么进行判断

dantevinsky · 发表于 Post on 2022-9-2 10:25:13

"提示出现Cannot find .xtboptok file!"
这不就是没有优化成功吗，没有优化成功跑的时间比较长也是很正常的

GHL · 发表于 Post on 2022-11-4 19:10:23

sobereva 发表于 2022-8-31 19:29
诸如此类情况，先手动用xtb对其中一个进行计算，看输出信息是什么进行判断

我现在也遇到了这个问题，但是采用gfn 1 就可以，但是速度肯定也慢
20000多个候选得耗时13个小时

philartist · 发表于 Post on 2022-11-4 19:45:25

GHL 发表于 2022-11-4 19:10
我现在也遇到了这个问题，但是采用gfn 1 就可以，但是速度肯定也慢
20000多个候选得耗时13个小时

这种时候我都是提交任务后等待一段时间，如果不能正常运行就手动停掉再提交，如此反复，等待好运气来临的时候就可以正常运行了

GHL · 发表于 Post on 2022-11-4 20:26:56

philartist 发表于 2022-11-4 19:45
这种时候我都是提交任务后等待一段时间，如果不能正常运行就手动停掉再提交，如此反复，等待好运气来临的 ...

我的是gfn 0 级别会出现这种状况，但是如果采用gfn 1就每个耗时2-3秒（看分子，设定的构象多少）就可以正常运行，但是我的问题是候选构象太多了，你可以试试直接采用gfn 1进行计算，然后在2

GHL · 发表于 Post on 2022-11-4 20:29:29

GHL 发表于 2022-11-4 20:26
我的是gfn 0 级别会出现这种状况，但是如果采用gfn 1就每个耗时2-3秒（看分子，设定的构象多少）就可以正 ...

换windows版的，与linux一致试试，也许依据分子结构不同，也许是设置问题

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-6 09:32:24

dantevinsky 发表于 2022-9-2 10:25
"提示出现Cannot find .xtboptok file!"
这不就是没有优化成功吗，没有优化成功跑的时间比较长也是很正常 ...

看xtb程序输出的提示，而不是molclus的提示

aaq2800 · 发表于 Post on 2024-3-11 08:12:34

看xtb.out，一般都是不收敛的问题

snljty2 · 发表于 Post on 2024-3-11 10:25:15

GHL 发表于 2022-11-4 20:26
我的是gfn 0 级别会出现这种状况，但是如果采用gfn 1就每个耗时2-3秒（看分子，设定的构象多少）就可以正 ...

只有GFN-0不能用的话，看一下是否正确设置了XTBPATH环境变量，见http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1-1.html里面XTBPATH相关内容。

philartist · 发表于 Post on 2024-3-11 11:49:09

snljty2 发表于 2024-3-11 10:25
只有GFN-0不能用的话，看一下是否正确设置了XTBPATH环境变量，见http://bbs.keinsci.com/thread-30080-1- ...

好的，谢谢~
我去看一下

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