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[GROMACS] gmx如何固定fe基面在跑md时不散乱,我尝试用位置限制但跑完nvt铁面的原子都松散。

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各位老师,同学:
我看有的论文在做某些物质在金属表面如fe(110)基面的吸附时并不会提到金属基面的固定,我自己构建了fe(110)基面,在mdp文件中使用位置限制后发生了散乱问题,尝试了重新建模也无法避免,随后尝试冻结组,但无法生成tpr文件,出现了问题且并没有给出具体警告。后续要跑npt的话冻结组也是无法使用的,所以想请教各位老师同学对于fe基面的位置固定有什么方法可以实现呢,恳求各位老师同学回答一下,万分感谢。

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发表于 Post on 2024-4-18 08:34:35 | 只看该作者 Only view this author
用位置限制势
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 09:09:00 | 只看该作者 Only view this author

老师,我就是尝试用位置限制,然后跑完nvt预平衡还是散了,位置限制文件就一个铁原子,整个面也没有其他杂原子,这种情况是要怎么处理呢

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发表于 Post on 2024-4-18 09:16:23 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 09:09
老师,我就是尝试用位置限制,然后跑完nvt预平衡还是散了,位置限制文件就一个铁原子,整个面也没有其他 ...

固体部分全都用位置限制势
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 10:09:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 09:16
固体部分全都用位置限制势

老师,不知道是不是我文件有问题,还是我限制的方式错了,itp和posre.itp里面都只写了一个铁原子,因为所有的原子是一样的,对应的限制后跑完nvt会散,整个铁面是19200个原子,这是因为itp没有把所有的原子写出来导致的吗,但是原子都是同一种一样的需要在itp里面写完整吗。我把我的文件传到附件了,gro文件有19200个铁原子由于文件太大无法上传,其他文件在附件可以麻烦老师帮我看一下嘛,非常感谢。

37ff2ac5f045ca981ddfceadebaabd0.png (25.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

37ff2ac5f045ca981ddfceadebaabd0.png

em.mdp

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fe.itp

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fe-posre.itp

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md-fe.top

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nvt-0.5.mdp

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发表于 Post on 2024-4-18 10:47:12 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 10:09
老师,不知道是不是我文件有问题,还是我限制的方式错了,itp和posre.itp里面都只写了一个铁原子,因为所 ...

你要先把你的19200个铁用ndx归为一组,再用genrestr把他们一起限制住
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 11:20:06 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-4-18 10:47
你要先把你的19200个铁用ndx归为一组,再用genrestr把他们一起限制住

好的,我去试试,感谢您

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 14:33:12 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-4-18 10:47
你要先把你的19200个铁用ndx归为一组,再用genrestr把他们一起限制住

您好,我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制,然后跑nvt发生了报错,这个错误是因为我itp里没有把所有的原子列出来吗,因为我19200个铁都是一样的,这也需要列19200个吗在itp里面的话。感谢您的解答

ae80007689331977e7121f8f20983fe.png (26.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

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发表于 Post on 2024-4-18 15:28:19 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好,我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制,然后跑nvt发生了报错,这个错误是因为我itp里没有 ...

限制有问题,发一下top和itp
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发表于 Post on 2024-4-19 05:11:55 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-18 14:33
您好,我尝试了把所有的铁原子建组然后用genrstr限制,然后跑nvt发生了报错,这个错误是因为我itp里没有 ...

当前铁的[moleculetype]只有一个原子,显然位置限制里的原子序号只能是1
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 09:22:37 | 只看该作者 Only view this author
dzdhp 发表于 2024-4-18 15:28
限制有问题,发一下top和itp

itp 在附件,可以帮忙看一下嘛,感谢

em.mdp

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fe.itp

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fe-posre.itp

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md-fe.top

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nvt-0.5.mdp

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-19 09:23:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-19 05:11
当前铁的[moleculetype]只有一个原子,显然位置限制里的原子序号只能是1

好的,谢谢老师,那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

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发表于 Post on 2024-4-19 09:58:00 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件,可以帮忙看一下嘛,感谢

你这不还是老问题吗,说了要先index再限制,你限制的时候没带上index文件吧,所以限制完了posre里头还只是一个铁,正常归组再限制里面应该是19200铁。用命令gmx genrstr -f 结构文件.gro -n index.ndx
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发表于 Post on 2024-4-19 14:05:44 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:22
itp 在附件,可以帮忙看一下嘛,感谢

看起来似乎没什么问题,有观察过轨迹看看跑散是怎么发生的吗
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发表于 Post on 2024-4-20 07:48:11 | 只看该作者 Only view this author
chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-19 09:23
好的,谢谢老师,那就是itp也要写19200个原子才能限制嘛

当然位置限制只需要写1个原子,因为你当前19200个Fe共享同一个只包含一个Fe的[moleculetype]
搞清楚[position_restraint]字段是对[moleculetype]而言的
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