能量最小化后糖残基之间的键断开了怎么办

Sunca · 发表于 Post on 2024-5-24 19:41:18

本帖最后由 Sunca 于 2024-5-31 16:42 编辑

我在附件上传了能量最小化的轨迹文件，可以看到刚一开始键就断开了
能量最小化过程没有报错，显示成功

下面是我的mdp参数
define                = -DFLEXIBLE
integrator             = cg
nsteps                = 10000
emtol                   = 100.0
emstep                = 0.01
;
nstxout                = 100
nstlog                = 50
nstenergy             = 50
;
pbc                   = xyz
cutoff-scheme          = Verlet
coulombtype             = PME
rcoulomb                = 1.0
vdwtype                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
DispCorr                = EnerPres
;
constraints             = none

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-24 20:27:57

拓扑文件是用什么方法构建的，这种情况一般是成键项参数有点问题

Sunca · 发表于 Post on 2024-5-24 21:39:36

本帖最后由 Sunca 于 2024-5-24 22:53 编辑

Seyilaxa 发表于 2024-5-24 20:27
拓扑文件是用什么方法构建的，这种情况一般是成键项参数有点问题

先用的charmm-gui生成的pdb文件，拓扑文件是用pdb2gmx命令生成的，但是力场文件里面的残基力场.rtp是我自己通过charmm-gui得到的itp文件在标准残基基础上修改的（如下）（因为标准残基里面只有完整的未修饰的糖环，而我需要乙酰基修饰的糖残基）

[ BM3A ]
; 3-o-acetyl-beta-D-mannose(middle group of chain linked by beta-1,4 bond)
  [ atoms ]
   C1 CC3162  0.2900 1
   H1    HCA1  0.0900 1
   C5 CC3163  0.1100 1
   H5    HCA1  0.0900 1
   O5 OC3C61 -0.4000 1
   C2 CC3161  0.1400 2
   H2    HCA1  0.0900 2
   O2 OC311 -0.6500 2
   HO2    HCP1  0.4200 2
   C3 CC3161  0.1700 3
   CY3 CC331 -0.3100 3
   HY31    HCA3  0.0900 3
   HY32    HCA3  0.0900 3
   HY33    HCA3  0.0900 3
   CX3 CC2O5  0.9000 3
   OX3 OC2D1 -0.6300 3
   H3    HCA1  0.0900 3
   O3 OC301 -0.4900 3
   C4 CC3161  0.0900 4
   H4    HCA1  0.0900 4
   O4 OC311 -0.3600 4
   C6 CC321  0.0500 5
   H61    HCA2  0.0900 5
   H62    HCA2  0.0900 5
   O6 OC311 -0.6500 5
   HO6    HCP1  0.4200 5
  [ bonds ]
   C1 +O
   C1 H1
   C1 O5
   C1 C2
   C2 H2
   C2 O2
   O2 HO2
   C2 C3
   C3 H3
   C3 O3
   O3 CX3
   CX3 OX3
   CX3 CY3
   CY3  HY31
   CY3  HY32
   CY3  HY33
   C3 C4
   C4 H4
   C4 O4
   O4 +C
   C4 C5
   C5 H5
   C5 C6
   C6 H61
   C6 H62
   C6 O6
   O6 HO6
   C5 O5

因为rtp文件是只能弄单独的残基，而残基之间的键我不知道怎么写，就模仿其他的氨基酸残基用+号表示，后面用pdb2gmx生成的结构残基之间有键连接且键接方式正确，我就以为没问题了

我仔细检查了我的top文件，发现残基之间根本没有键接，是VMD自动把残基连上了误导了我。
我应该怎么弄才能让pdb2gmx在生成拓扑时残基相连呢

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-24 23:38:23

Sunca 发表于 2024-5-24 21:39
先用的charmm-gui生成的pdb文件，拓扑文件是用pdb2gmx命令生成的，但是力场文件里面的残基力场.rtp是我自 ...

你没有定义叫C和O的原子，+O和+C自然定位不到连接的原子，看看这篇帖子1L中链接的例子：
http://bbs.keinsci.com/thread-12260-1-1.html
另外对于我不清楚对于上面例子中是否需要同时定义诸如C1 -C2和C2 +C1这样两个Bond，我个人的理解这是重复了的，而且Amber力场文件夹中的rtp文件也没有这样的重复定义

Sunca · 发表于 Post on 2024-5-31 16:39:36

Seyilaxa 发表于 2024-5-24 23:38
你没有定义叫C和O的原子，+O和+C自然定位不到连接的原子，看看这篇帖子1L中链接的例子：
http://bbs.kei ...

谢谢你的回复，因为是1,4-糖苷键，我将+O改为-O4、+C改为+C1后就好了，至于是否重复的问题我不太清楚，反正得到的拓扑文件没有问题就行

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