Sobtop构建Ti3C2拓扑文件时遇到力常数为0且em自动终止怎么解决？

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-18 08:42:08

构建过程主要参考Sobtop案例的FeCl2的方法二。

1. Ti3C2的原胞结构为materials projects下载，然后使用M$处理，即删除上下层，仅留单层，并将晶胞保存为长方体Ti3C2.cif文件,然后扩胞得到10x5 nm的Ti3C2.pdb文件；
2. 然后使用cif作为初始结构，利用Multiwfn构建cp2k软件的单胞几何优化输入文件opt.inp,运行后得到opt-1.restart
3. 将opt-1.restart文件作为下一步Multiwfn的输入文件，扩胞为3*3*1, 然后在multiwfn中得到k点为5,5,1的freq.inp文件，在cp2k运行后得到freq.out文件
4. 在sobtop中使用Ti3C2.pdb和freq.out作为输入文件，将pdb中的原子类型全部用UFF指认（即UF_Ti和UF_C），使用m2Seminario方法和freq.out文件计算参数，得到itp和top文件。
5. 最后使用em文件测试，但是运行报错如下，并且vmd可视化发现，em.gro的周边结构成键错乱，并且itp文件中的K值全部为0

请教一下我的步骤是否正确？报错及无法正常模拟该如何修正？相关附件请移步网盘
通过网盘分享的文件：1018_3x3.zip
链接: https://pan.baidu.com/s/1W7KbBBWqhzL2uoetj_1PnQ?pwd=jq2e 提取码: jq2e
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飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-18 13:17:04

有高手帮忙看一下吗？您也可以下载文件测试一下

et2ac · 发表于 Post on 2024-10-18 13:27:57

用mol2试试？pdb连接关系不一定对

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-18 13:36:40

et2ac 发表于 2024-10-18 13:27
用mol2试试？pdb连接关系不一定对

你好，你说的mol2文件，是指哪一步用mol2?

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-18 13:39:04

飞翔的胖吉发表于 2024-10-18 13:36
你好，你说的mol2文件，是指哪一步用mol2?

最原始的Ti3C2.pdb文件显示键正常，但是如果用vmd将其转化为mol2格式导出，再打开就发现显示全为点，没有链接的键

et2ac · 发表于 Post on 2024-10-18 13:54:51

飞翔的胖吉发表于 2024-10-18 13:39
最原始的Ti3C2.pdb文件显示键正常，但是如果用vmd将其转化为mol2格式导出，再打开就发现显示全为点，没有 ...

我这边用vmd看也正常，但是GaussView看不正常，不知道Sobtop会怎么识别。。
而且Sobtop的输入跟freq.inp里的坐标应该一致吧，我看教程例11就是用freq.inp生成的pdb文件

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-18 14:03:16

et2ac 发表于 2024-10-18 13:54
我这边用vmd看也正常，但是GaussView看不正常，不知道Sobtop会怎么识别。。
而且Sobtop的输入跟freq.inp ...

教程是用的5X5X1的尺寸。。。但是我的Ti3C2的尺寸要大很多，我没有在multiwfn中扩胞，而是用material sstudio去绘制了一个大尺寸的pdb文件。pdb显示正常，但是转其他格式或者运行em后就不正常了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 15:29:46

pdb载入Multiwfn时看清楚屏幕上显示的成键关系，弄清楚跨盒子的键识别出来没有。如果没有，说明pdb里晶胞信息缺失或不正确。如果晶胞信息识别出来了，检查产生的拓扑文件里跨盒子的键的参数确保没问题再模拟

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-20 19:14:19

sobereva 发表于 2024-10-20 15:29
pdb载入Multiwfn时看清楚屏幕上显示的成键关系，弄清楚跨盒子的键识别出来没有。如果没有，说明pdb里晶胞信 ...

好的社长，我检查一下。您看我描述的这个步骤是正确的吗？心里没底

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-20 19:22:42

飞翔的胖吉发表于 2024-10-20 19:14
好的社长，我检查一下。您看我描述的这个步骤是正确的吗？心里没底

如果目的仅仅是保持刚性，都没必要做振动分析，直接用sobtop猜的数量级合适的力常数就完了

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-21 07:49:02

本帖最后由飞翔的胖吉于 2024-10-21 08:21 编辑

sobereva 发表于 2024-10-20 19:22
如果目的仅仅是保持刚性，都没必要做振动分析，直接用sobtop猜的数量级合适的力常数就完了

我检查了pdb文件和itp文件的跨盒子信息，我选了1号和2110号原子作为参考，vmd中可以看出1号C和2110号Ti分别在左右两侧，但是在sobtop中可以识别到两者成键，并且在后续生成的itp文件里面也有bond，angle和dihedral信息。（itp中的k参数是我自己赋予的，因为我按照案例生成的itp文件中，K全为0，所以我自己补上去的）。

最终得到的itp和pdb文件在跑MD的时候，就出现了文中一开始提到的问题。
（1：边缘成键
2：em终止）

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-21 09:48:03

飞翔的胖吉发表于 2024-10-21 07:49
我检查了pdb文件和itp文件的跨盒子信息，我选了1号和2110号原子作为参考，vmd中可以看出1号C和2110号Ti分 ...

前面说了，就让sobtop猜力常数就完了，没必要基于Hessian矩阵算
只要跨盒子的bond、angle项该有的都有，就不可能计算的时候唯独盒子边缘部分结构变形

飞翔的胖吉 · 发表于 Post on 2024-10-24 09:08:02

sobereva 发表于 2024-10-21 09:48
前面说了，就让sobtop猜力常数就完了，没必要基于Hessian矩阵算
只要跨盒子的bond、angle项该有的都有， ...

我使用lazy的方法构建单片mxene的itp文件，然后使用教程里面的md_PBC.mdp可以维持刚性模拟。于是我尝试将MXene片堆叠模拟（模拟复合材料，使用packmol建模如下图），同样使用md_PBC.mdp模拟，盒子尺寸为-c -d 3 但是模拟后报错如下，请教社长是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-24 12:34:07

飞翔的胖吉发表于 2024-10-24 09:08
我使用lazy的方法构建单片mxene的itp文件，然后使用教程里面的md_PBC.mdp可以维持刚性模拟。于是我尝试将 ...

没法判断
参考下文从简单到复杂debug
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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