用M06加D3算溶剂下的单点出错

younggood

各位大神，麻烦懂的人帮帮我，文章回来消息了， 审稿人是这么说的：Optimizations have been performed at the B3LYP/BS1 level in acetonitrile(SMD). The Gibbs energies arise from M06 single-point calculation with a largerbasis set. The authors should check if optimizations including dispersioneffects are able to decrease these too large barriers.

所以我重新考虑色散效应优化了结构，这是优化的输入文件：

# opt freq b3lyp/6-31g(d,p) Temperature=353.15 scrf(smd,solvent=Acetonitrile) EmpiricalDispersion=GD3BJ

-1 1

C                  6.24185600   -0.18022300    0.03608500

C                  5.22330000    0.75331400    0.73783600

C                  4.14929300    0.32900100   -0.30781100

C                  5.04270400   -0.91048300   -0.61955800

H                  6.84195700    0.35861000   -0.70487400

H                  6.91540500   -0.76910800    0.66758300

H                  5.46501200    1.81841300    0.81441800

H                  4.94265200    0.37342200    1.72503000

H                  4.12298400    1.02066100   -1.15461700

H                  5.13410300   -1.22076700   -1.66550400

H                  4.71504700   -1.76335900   -0.01740600

C                  2.73758000    0.05403500    0.20138900

O                  2.59078200   -0.68817400    1.19467800

N                  1.77073200    0.71912700   -0.47447300

C                  0.46173100    0.40939200   -0.26453200

C                 -0.09293200   -0.89513400   -0.22509200

C                 -0.50681200    1.44328600   -0.19490900

C                 -1.45171000   -1.13892500   -0.09794900

C                 -1.85914700    1.20018700   -0.07205300

C                 -2.38475500   -0.09831400   -0.00971400

F                  0.71150900   -1.96898600   -0.37985100

F                 -1.84827100   -2.42782100   -0.08205100

F                 -0.09231400    2.73027300   -0.22970400

F                 -2.70072900    2.25417600    0.00649300

C                 -3.86226200   -0.27941200    0.12021700

F                 -4.23434900   -1.57036100    0.21650600

F                 -4.35362300    0.35338700    1.21733300

F                 -4.53240300    0.24414100   -0.94030200

优化完后，在算这个结构的单点时，老是出错，这是对这个优化结构的溶剂化单点的输入文件：

# M06/6-311++g(2d,2p) Temperature=353.15 scrf(smd,solvent=Acetonitrile) EmpiricalDispersion=GD3BJ

-1 1

C                  6.20595000   -0.25226600    0.02539300

C                  5.22878400    0.69825600    0.76022700

C                  4.13786300    0.35422700   -0.29304800

C                  4.97688500   -0.91042800   -0.64848100

H                  6.82446100    0.28551100   -0.70056000

H                  6.85592600   -0.88839600    0.63476200

H                  5.51416100    1.74884000    0.87241200

H                  4.93023900    0.29547400    1.73244700

H                  4.13207300    1.07114600   -1.11833700

H                  5.05135500   -1.19003800   -1.70381000

H                  4.61491200   -1.76631600   -0.07134200

C                  2.72474900    0.10678500    0.21422900

O                  2.56459600   -0.61898300    1.21750800

N                  1.76693800    0.76330200   -0.48031700

C                  0.46101900    0.44167400   -0.27262500

C                 -0.07116200   -0.87092200   -0.23180700

C                 -0.51918800    1.46199400   -0.20045400

C                 -1.42483600   -1.13511900   -0.10151000

C                 -1.86696700    1.19860200   -0.07480800

C                 -2.37088900   -0.10746700   -0.01167800

F                  0.75122900   -1.93008200   -0.38858400

F                 -1.80390500   -2.42880800   -0.08354800

F                 -0.12143000    2.75384000   -0.23418100

F                 -2.72558800    2.23791700    0.00703700

C                 -3.84356000   -0.30829400    0.12246100

F                 -4.19946200   -1.60439400    0.20699800

F                 -4.33759100    0.30769100    1.22786000

F                 -4.52329100    0.21831000   -0.93011700

出错信息附上：

Rotational constants (GHZ):      0.7337766      0.1465309      0.1284556

Standard basis: 6-311++G(2d,2p) (5D, 7F)

There are   679 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.

There are   637 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.

   637 basis functions,   966 primitive gaussians,   679 cartesian basis functions

    79 alpha electrons       79 beta electrons

       nuclear repulsion energy      1766.2813070312 Hartrees.

NAtoms=   28 NActive=   28 NUniq=   28 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F

Integral buffers will be    131072 words long.

Raffenetti 2 integral format.

Two-electron integral symmetry is turned on.

R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 4235 IXCFnc= 54 ScaHFX=  0.270000 IDFTD=4

Error termination via Lnk1e in /opt//g09/l301.exe at Tue Mar  5 21:22:11 2019.

Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  4.2 seconds.

File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

请问这是什么原因呢，不胜感激！

ShuangfeiZhu

改成     EmpiricalDispersion=GD3  见 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com/210

liyuanhe211

http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

younggood

ShuangfeiZhu 发表于 2019-3-6 13:41
改成     EmpiricalDispersion=GD3  见 DFT-D色散校正的使用 http://sobereva.com ...

你好，请问我的优化和单点的输入文件都改成EmpiricalDispersion=GD3吗

幻七熏

younggood 发表于 2019-3-6 15:02
你好，请问我的优化和单点的输入文件都改成EmpiricalDispersion=GD3吗

审稿人的意思应该是使用B3LYP优化的时候加上色散校正，单点计算的时候就不需要啦，检查一下色散对能垒的影响

younggood

幻七熏 发表于 2019-3-6 15:19
审稿人的意思应该是使用B3LYP优化的时候加上色散校正，单点计算的时候就不需要啦，检查一下色散对能垒的 ...

你好，请问不是应该统一吗。优化加色散的话，单点也是要加的？

sobereva

这种纯有机体系用M06是很不理想的选择，要用用M06-2X，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272（http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html）

加不加D3是否需要统一是对于同种泛函而言的，泛函都不同没有可比性
相关讨论看
量子化学研究中切换泛函应当注意的问题
http://sobereva.com/415（http://bbs.keinsci.com/thread-9878-1-1.html）

对于回复当前问题，优化加了D3就完了，之后的计算原先怎么算的还怎么算，不要做任何改变（原先没加D3也不加），省得因为同时变化了多个因素导致结果没法用来回复审稿人的考虑

你当前的帖子标题并没有很充分体现当前帖子问题的具体内容，给你改了。

younggood

sobereva 发表于 2019-3-7 03:09
这种纯有机体系用M06是很不理想的选择，要用用M06-2X，仔细看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://s ...

谢谢sob老师