NAMD中能否引入谐振函数的更高次项

喵帕斯

目前准备把Morse函数展开成谐振函数来作为键参数，但是因为仅用E=k(r-r0)^2来描述的结果并不是很好，所以想加上三次项和四次项用作补充，请问能否在NAMD中实现

k64_cc

但是你这个操作除了平添难度之外有啥意义…

fhh2626

可以，但你直接添加morse势不就行了？

fhh2626

用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

ene

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

老师，请问NAMD中可以修改特定片段间的非键作用力的函数形式，而不改变该片段内的非键作用力吗？想用NAMD结合软核势做H-REMD，不知道是否行得通

ene

fhh2626 发表于 2018-9-10 18:04
用namd 里面的 tubulated potential直接添加morse势就行了，不影响体系中的其他部分

只知道openMM可以做，但是又不清楚openMM跑膜蛋白体系是否稳健

fhh2626

ene 发表于 2018-9-10 20:25
老师，请问NAMD中可以修改特定片段间的非键作用力的函数形式，而不改变该片段内的非键作用力吗？想用NAMD结 ...

改变函数形式还能不改变作用力？

ene

fhh2626 发表于 2018-9-10 22:04
改变函数形式还能不改变作用力？

是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体蛋白间的弱作用函数形式，但是不改变受体蛋白内部的弱作用

fhh2626

ene 发表于 2018-9-10 22:16
是只改变两个片段间的原子作用力，不改变片段内的作用力。就比如小分子结合到靶点上，只改变小分子和受体 ...

可以啊，用tubulated potential

ene

fhh2626 发表于 2018-9-10 22:40
可以啊，用tubulated potential

多谢 刚刚看了一下ug，您的意思应该是把tubulated potential与ABF联用对吗？通过tubulated potential指定势函数形式，然后通过ABF来指定新势函数作用到的cv

fhh2626

ene 发表于 2018-9-10 22:56
多谢 刚刚看了一下ug，您的意思应该是把tubulated potential与ABF联用对吗？通过tubulated pot ...

和abf没关系啊，这个就是用自定义的函数覆盖掉默认的范德华力

ene

fhh2626 发表于 2018-9-11 07:09
和abf没关系啊，这个就是用自定义的函数覆盖掉默认的范德华力

是的，但是我看文档中好像没有写怎么才能只对于部分选定原子应用tabulated potential？如果指定了两种原子间的tabulated potential，那么体系中所有这两种原子间的弱作用都会采用这个新的potential来计算

fhh2626

ene 发表于 2018-9-11 07:43
是的，但是我看文档中好像没有写怎么才能只对于部分选定原子应用tabulated potential？如果指定了两种原 ...

你定义几种新原子不就行了

ene

fhh2626 发表于 2018-9-11 08:10
你定义几种新原子不就行了

谢谢Fu老师，这办法太有意思了 :D

fhh2626

ene 发表于 2018-9-11 08:34
谢谢Fu老师，这办法太有意思了 :D

你就定义几种新原子类型，其他参数都和以前的一样，就把那几个原子对的势能函数覆盖了就行